Учёт влияния среды в молекулярной динамике.
Проблема учёта влияния кружающей среды на конформационную подвижность изучаемых молекул в рамках метода молекулярной динамики решается двумя способами: явным введением в уравнения движения дополнительного потенциала и явным учётом окружения с добавлением в систему молекул окружающей среды. Добавление в систему дополнительных молекул среды существенно увеличивает объём расчётов (пропорционально квадрату числа атомов) и поэтому мало применимо к расчёту молекулярной динамики биологических макромолекул. Однако существует модификация этого подхода, связанная с вводом периодических граничных условий, что позволяет уменьшить объём системы. Дополнительный потенциал в уравнениях движения не может быть универсальным для разных систем и его тип сильно привязан к конкретной задаче.