О СТРУКТУРНЫХ ОСНОВАХ БЕЛОК-БЕЛКОВОГО УЗНАВАНИЯ

Линде Д. М., Поройков В. В., Дроздов-Тихомиров Л. Н.
НИИ Биомедицинской химии РАМН, 119832 Москва; Институт молекулярной генетики РАН, Москва
Получены данные о структуре областей контактов между аминокислотными остатками в 317 негомологичных белковых комплексах из Брукхейвенского банка данных. Данные представлены в виде матриц контактов. Эти данные использованы для проверки правильности гипотез о существовании "комплементарных пар"аминокислот, определяющих белок-белковое узнавание. Метод проверки опирается на представление, что белок-белковый комплекс может быть стабильным, если он связан не менее чем тремя "комплементарными" (сильными) контактами. При этом обеспечивается также стереоспецифичность межмолекулярного узнавания. Набор "комплементарных пар", предлагаемый "правильной" гипотезой, должен обеспечивать выполнение этого необходимого условия для каждого реально существующего белок-белкового комплекса. Показано, что ни одна из существующих гипотез, выводящих комплементарность аминокислот из комплементарности их генетических кодов, (гипотезы Л.Б.Меклера, Блэлока и Смита и др.) не обеспечивает выполнение необходимого условия для всех 317-и рассмотренных комплексов и, по-видимому, не является правильной. Сделана попытка ответить на вопрос: существует ли такой набор пар аминокислот (контактов), который обеспечивает выполнение необходимого условия на всех 317-и комплексах и каковы его минимальные размеры. Предварительные результаты показывают, что таких наборов может быть несколько и что размер минимального набора (число входящих в него пар аминокислот) равен 20.