Разработан пакет программ для оценки и анализа корреляций аминокислотных замен в парах позиций белковых последовательностей. В качестве анализируемых данных используется множественное выравнивание последовательностей белкового семейства. Для оценки зависимости между позициями белка используется величина линейного коэффициента корреляции между значениями физико-химической характеристики аминокислот в позициях белка. Пакет программ позволяет: 1) оценивать степень парной зависимости позиций белка; 2) на основе анализа матрицы парных коэффициентов корреляции выявлять линейные комбинации величин физико-химических характеристик белка в группах его позиций (интегральные характеристики), которые в ходе эволюции белкового семейства поддерживались на постоянном уровне; 3) оценивать степень консервативности (вариабельности) выявленных интегральных физико-химических характеристик белка. Пакет программ имеет WWW-интерфейс и доступен через Internet по адресу: http://wwwmgs.bionet. nsc.ru/programs/crasp/default.htm. С помощью данного пакета программ были проанализированы ДНК-связывающие домены ряда транскрипционных факторов. Показано существование интегральных консервативных характеристик этих белков, отражающих электростатические взаимодействия между белком и ДНК.