ПЕРИОДИЧНОСТИ В РАСПОЛОЖЕНИИ НУКЛЕОТИДОВ НА УЧАСТКЕ НАЧАЛА РЕПЛИКАЦИИ ХРОМОСОМЫ ORIC ИЗ E.coli

Баландина А. В., Кутузова Г. И., Макеев В. Ю., Франк Г. К.
Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН, 117984 Москва; Институт биохимии им.А.Н. Баха РАН, 117071 Москва
Методом матричного Фурье-анализа изучены закономерности расположения нуклеотидов в области точки начала репликации E.coli (421 пара оснований ДНК). Показано наличие периодичностей разного масштаба в нуклеотидной последовательности области oriC. Наиболее четко выражены периодичности, соответствующие периоду T=3, 11, 17, 19, 38, 56, 90 нуклеотидов. Пик с максимальной спектральной мощностью расположен в фурье-спектре oriC в районе периода T=90 нуклеотидов. Менее четко выражены периодичности, соответствующие периоду Т= 7, 9, 13, 15, 18, 24, 48 нуклеотидов. В спектре для минимальной области oriС E.coli (245 пар оснований ДНК) наиболее четко выражен пик, соответствующий периодичности в 17 нуклеотидов, также присутствуют периодичности в два, три нуклеотида, значительная спектральная мощность наблюдается в районе Т=96 нуклеотидов. Методом скользящего окна продемонстрирована неоднородность участка начала репликации - разные фрагменты ДНК содержат разные наборы периодичностей. Показано, что участок ДНК oriC, являющийся местом посадки регуляторного белка DnaA, отличается особым видом фурье-спектра. Обсуждается связь между видом фурье-спектра и расположением точек контактов регуляторных белков (HU, DnaA и др.). Работа поддержана РФФИ (97-04-49707).