РОЛЬ КОНФИГУРАЦИИ МЕТАЛЛ-НУКЛЕОТИДНОГО КОМПЛЕКСА В ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ АКТИВНОСТИ ТУБУЛИНА
Стефанов В. Е., Сапрыкин Б. И., Кутин А. А., Тулуб А. А.
Санкт-Петербургский государственный университет, биолого-почвенный факультет, Санкт-Петербург
С использованием методов
молекулярного моделирования и ЯМР-спектроскопии
были исследованы структурные предпосылки переноса протона в молекуле
тубулина, связанного с процессами гидролиза
GTP и инициацией
самосборки олигомерной структуры. Было установлено, что Е-сайт
тубулина способен связывать металл-нуклеотидный комплекс
Mg2+ GTP
в одной из двух конфигураций: тетраэдрически либо октаэдрически
координированной. Тетраэдрическая координация соответствует более
плотной упаковке и благоприятствует монодентатному связыванию
металл-нуклеотидного субстрата. Тетраэдрически координированный
металл-нуклеотидный комплекс может инициировать перенос протона
от одной из координированных молекул воды к свободной молекуле
воды. При этом потерявшая протон координированная молекула становится
гидроксилом, и запускается процесс последовательного переноса
протона в "протонном канале", образованном водородными
связями. Вывод о существовании подобного канала передачи протонного
сигнала был сделан нами на основании данных, полученных с помощью
анализа методами молекулярной механики и квантовохимических аb
initio расчетов
структуры тубулина. Показано, что в структуру канала переноса
протона входит цепочка, состоящая из остатков тирозина Туг 208 -
Туг 199 - Туг 183 - Туг 421 - Туг 425. Конечным
акцептором заряда является С-концевая группа тубулина. Новый протон
захватывается металл-нуклеотидным комплексом из пула, и цикл завершается.
Таким образом включенный в структуру тубулина металл-нуклеотидный
комплекс осуществляет его перезарядку, стимулирует гидролиз GTP
и инициирует процесс самосборки структуры микротрубочки.