ДВУТЯЖЕВЫЕ ПЕПТИДНЫЕ МОТИВЫ ДЛЯ УЗНАВАНИЯ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК

Гурский Г. В., Суровая А. Н., Гроховский С. Л., Письменский В. Ф., Николаев В. А., Буркхардт Г., Циммер К.
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Москва, Россия; *Институт молекулярной биологии, Иена, Германия
Исследовано взаимодействие с ДНК аналогов антибиотика нетропсина, в которых два мономера соединены линкерами в ориентации хвост к хвосту и голова к хвосту. Показано, что эти соединения образуют два типа комплекса с дуплексом 5'-CCTATATATACC-3'. Первый тип комплекса соответствует связыванию бис-нетропсина в растянутой конформации со стехиометрией 1:1, в то время как второй тип комплекса соответствует связыванию в форме шпильки. Бис-нетропсины, в которых два мономера соединены в ориентации хвост к хвосту с помощью остатка цис-диаминoплатины (II) или цепочки с 5 метиленовыми звеньями, связываются с дуплексом 5ў-CCTATATCC-3' только в форме шпильки со стехиометрией 1:1. Cпектры КД для этих комплексов являются сходными и отличаются от спектров КД, полученных при связывании в форме шпильки бис-нетропсина с ориентацией двух мономеров голова к хвосту. Встраивание в узкую бороздку ДНК параллельного и антипараллельного двутяжевых пептидных мотивов характеризуется близкими значениями энергии связывания. Оба мотива можно использовать для синтеза новых сайт-специфичных лигандов.