МОДЕЛИРОВАНИЕ ЧЕТВЕРТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКОВ ПО ДАННЫМ МАЛОУГЛОВОГО РАССЕЯНИЯ В РАСТВОРЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ТЕКТОНИКИ
Волков В. В., Кениг С., Козин М. Б., Кох М., Мелик-Адамян В. Р., Петухов М. В., Соколова А. В., Свергун Д. И.
*Институт кристаллографии РАН, МГУ им. М.В.Ломоносова; **Физический факультет, каф. биофизики; ***ЕМБЛ, Гамбург, Германия; ****Университет Халле, Виттенберг, Германия
Известно, что силы кристаллической
упаковки способны существенным образом влиять на четвертичную
структуру макромолекул и доменное строение нативных белков в растворе
может отличаться от их строения в кристалле. Не в последней мере
из-за этого зачастую наблюдаются отклонения между экспериментальными
данными малоуглового рассеяния растворами белков и теоретическими
кривыми, рассчитанными из кристаллографических моделей. Нами разработана
методика моделирования четвертичной структуры белков в растворе
путем перемещения и вращения отдельных структурных доменов в кристаллографической
модели для достижения наилучшего приближения к экспериментальным
данным рассеяния. В данной работе эта методика применена для моделирования
строения ряда тиаминдифосфатзависимых белков (пируватдекарбоксилазы,
транскетолазы, пируватоксидазы) и каталазы дрожжей по данным рассеяния
в растворе.