КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ АКТИВНОГО ЦЕНТРА ПРОЛИЛЭНДОПЕПТИДАЗЫ МЕТОДОМ 3D-QSAR
Веселовский А. В., Матвеева Е. Г., Золотов Н. Н., Иванов А. С.
НИИ биомедицинской химии РАМН, Москва; *НИИ фармакологии РАМН, Москва
Проведен компьютерный
анализ субстратов пролилэндопептидазы (ПЭП) для выявления структурных
и физико-химических свойств, определяющих их связывание с активным
центром фермента и гидролиз этих субстратов. Работа проводили
с использованием молекулярно-графического пакета "SYBYL 6.3"
фирмы "TRIPOS". Построена фармакофорная модель субстратов
ПЭП, которая предполагает, что связывание субстратов с пролилэндопептидазой
обусловлена взаимодействием пирролидольного кольца пролина и образованием
водородных связей пептидной цепи субстратов с активным центром
ПЭП. 3D-QSAR + CoMFA- модель показала, что в связывании субстратов
определяющую роль играет образование водородных связей, и выявила
важные стерические и электростатические области вокруг молекул
субстрата, нахождение в которых заместителей влияет на величину
константы Михаэлиса. Анализ полученных результатов позволяет предположить,
что связывание субстрата вызывает существенные перестройки в активном
центре фермента, которые во многом определяются химической природой
боковой цепи аминокислоты, расположенной рядом с пролином.