КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ АКТИВНОГО ЦЕНТРА ПРОЛИЛЭНДОПЕПТИДАЗЫ МЕТОДОМ 3D-QSAR

Веселовский А. В., Матвеева Е. Г., Золотов Н. Н., Иванов А. С.
НИИ биомедицинской химии РАМН, Москва; *НИИ фармакологии РАМН, Москва
Проведен компьютерный анализ субстратов пролилэндопептидазы (ПЭП) для выявления структурных и физико-химических свойств, определяющих их связывание с активным центром фермента и гидролиз этих субстратов. Работа проводили с использованием молекулярно-графического пакета "SYBYL 6.3" фирмы "TRIPOS". Построена фармакофорная модель субстратов ПЭП, которая предполагает, что связывание субстратов с пролилэндопептидазой обусловлена взаимодействием пирролидольного кольца пролина и образованием водородных связей пептидной цепи субстратов с активным центром ПЭП. 3D-QSAR + CoMFA- модель показала, что в связывании субстратов определяющую роль играет образование водородных связей, и выявила важные стерические и электростатические области вокруг молекул субстрата, нахождение в которых заместителей влияет на величину константы Михаэлиса. Анализ полученных результатов позволяет предположить, что связывание субстрата вызывает существенные перестройки в активном центре фермента, которые во многом определяются химической природой боковой цепи аминокислоты, расположенной рядом с пролином.