АНАЛИЗ ВЫРОВНЕННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ОБОЛОЧЕЧНЫХ БЕЛКОВ ВИРУСА ГЕПАТИТА С
Соболев Б. Н., Матвеев И. В., Поройков В. В.
НИИ Биомедхимии РАМН, 119832 Москва
Наиболее точные сведения
о функционально значимых участков белковых молекул дает выравнивание
(alignment) с гомологичными белками, для которых установлена трехмерная
структура и определены соответствующие функциональные участки.
При отсутствии структурных данных и статистически достоверного
сходства с функционально охарактеризованными белками проводится
анализ возможно большего набора выровненных гомологичных последовательностей.
Функциональные участки предсказываются на основе оценки консервативности/вариабельности
отдельных позиций выравнивания по различным критериям (весовые
матрицы замен, консервативность физико-химических свойств, наличие
сопряженных замен). Указанный подход был применен для анализа
белков вируса гепатита С (ВГС) - одного из наиболее распространенных
возбудителей посттрансфузионных гепатитов. Мы провели анализ более
800 последовательностей оболочечных белков вируса гепатита С (ВГС)
E1 и E2, большинство из которых представляли фрагменты целых белков.
Известно, что эти белки ответственны за распознавание клеточных
рецепторов и проникновение вирусного материала в клетку. В результате
исследования был выявлен ряд консервативных областей - главным
образом в белке Е2, содержащих ароматические и заряженные остатки,
консервативность которых характерна для участков белок-белкового
взаимодействия. Наши данные показывают, что различия в антигенной
структуре оболочечных белков разных штаммов ВГС могут быть связаны
не только с гипервариабельными участками (HVR1 и HVR2), но и,
в частности, с наличием отдельных вероятных сайтов гликозилирования
далеко не у всех изолятов вируса. Было показано, что наиболее
вариабельный участок последовательности белка E2 (HVR1) содержит
относительно консервативные позиции, которые, по-видимому, позволяют
поддерживать стабильную пространственную структуру данного домена
у разных изолятов ВГС. Анализ консервативных и полуконсервативных
позиций в более чем 500 последовательностях HVR1 позволил выявить
позиции, которые могут участвовать в распознавании поверхностных
структур клетки. Исходя из полученных результатов, мы сделали
вывод, что в распознавании клеточных рецепторов могут участвовать
разные области последовательности белка Е2. Различия в консервативности/вариабельности
вероятных участков взаимодействия, по-видимому, связаны с использованием
более одного типа клеточных рецепторов при проникновении вируса
в клетку.