АНАЛИЗ ВЫРОВНЕННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ОБОЛОЧЕЧНЫХ БЕЛКОВ ВИРУСА ГЕПАТИТА С

Соболев Б. Н., Матвеев И. В., Поройков В. В.
НИИ Биомедхимии РАМН, 119832 Москва
Наиболее точные сведения о функционально значимых участков белковых молекул дает выравнивание (alignment) с гомологичными белками, для которых установлена трехмерная структура и определены соответствующие функциональные участки. При отсутствии структурных данных и статистически достоверного сходства с функционально охарактеризованными белками проводится анализ возможно большего набора выровненных гомологичных последовательностей. Функциональные участки предсказываются на основе оценки консервативности/вариабельности отдельных позиций выравнивания по различным критериям (весовые матрицы замен, консервативность физико-химических свойств, наличие сопряженных замен). Указанный подход был применен для анализа белков вируса гепатита С (ВГС) - одного из наиболее распространенных возбудителей посттрансфузионных гепатитов. Мы провели анализ более 800 последовательностей оболочечных белков вируса гепатита С (ВГС) E1 и E2, большинство из которых представляли фрагменты целых белков. Известно, что эти белки ответственны за распознавание клеточных рецепторов и проникновение вирусного материала в клетку. В результате исследования был выявлен ряд консервативных областей - главным образом в белке Е2, содержащих ароматические и заряженные остатки, консервативность которых характерна для участков белок-белкового взаимодействия. Наши данные показывают, что различия в антигенной структуре оболочечных белков разных штаммов ВГС могут быть связаны не только с гипервариабельными участками (HVR1 и HVR2), но и, в частности, с наличием отдельных вероятных сайтов гликозилирования далеко не у всех изолятов вируса. Было показано, что наиболее вариабельный участок последовательности белка E2 (HVR1) содержит относительно консервативные позиции, которые, по-видимому, позволяют поддерживать стабильную пространственную структуру данного домена у разных изолятов ВГС. Анализ консервативных и полуконсервативных позиций в более чем 500 последовательностях HVR1 позволил выявить позиции, которые могут участвовать в распознавании поверхностных структур клетки. Исходя из полученных результатов, мы сделали вывод, что в распознавании клеточных рецепторов могут участвовать разные области последовательности белка Е2. Различия в консервативности/вариабельности вероятных участков взаимодействия, по-видимому, связаны с использованием более одного типа клеточных рецепторов при проникновении вируса в клетку.