ВЛИЯНИЕ ЛОКАЛЬНОЙ КОНФОРМАЦИИ ДНК НА СВЯЗЫВАНИЕ БИСНЕТРОПСИНОВ В МАЛОЙ БОРОЗДКЕ ДНК

Суровая А. Н., Гроховский С. Л., Письменский В. Ф., Гурский Г. В.
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, 117984 Москва
Методом КД и УФ-спектроскопии, а также флуоресцентными методами исследовано взаимодействие с олигонуклеотидными дуплексами двух биснетропсинов, содержащих в качестве короткого линкера cis-диаминоплатину (II) - ( Nt-Pt(NH3)2-Nt) или гибкую цепочку, состоящую из пяти метиленовых звеньев (Nt-(CH2)5-Nt). В обоих лигандах нетропсиновые фрагменты были присоединены в одинаковой ориентации (хвост к хвосту). Показано, что Nt-Pt(NH3)2-Nt обладает наибольшим сродством к последовательности 5'-TTTTAAAA-3'. Расположение блока А4 на 5'-конце уменьшает сродство Nt-Pt(NH3)2-Nt к ДНК. Эффект, вероятно, связан со способностью блока 5'-Т4A4-3' изгибаться в сторону широкой бороздки, расширяя при этом малую, что выгодно для связывания Nt-Pt(NH3)2-Nt. Биснетропсин, Nt-(CH2)5-Nt, имеющий гибкий линкер, при той же ориентации нетропсиновых фрагментов, что и Nt-Pt(NH3)2-Nt, имеет одинаковое сродство к ДНК независимо от расположения блоков Т4 и А4 относительно 5'-конца дуплекса. Дифференциальные спектры КД, вычисленные для комплексов исследованных биснетропсинов с олигонуклеотидными дуплексами, имеющими расширенную малую бороздку, приобретают характерную форму с двумя длинноволновыми максимумами. Этот факт свидетельствует о связывании биснетропсинов в конформации шпильки, в которой нетропсиновые фрагменты образуют параллельный двутяжевый мотив. Показано, что для специфического связывания Nt-Pt(NH3)2-Nt и Nt-(CH2)5-Nt важна как определенная нуклеотидная последовательность, так и локальная конформация малого жолоба ДНК.