ЦИКЛИЗАЦИЯ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ, ОБРАЗУЮЩИХ СТРУКТУРУ СО СДВИНУТЫМИ ПЕТЛЯМИ

Бениаминов А. Д., Минят Э. Е., Иванов В. И.
Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН, 117984 Москва
Ранее нами была предложена трехмерная модель структуры со сдвинутыми петлями или SLS (Slipped Loop Structure), а затем на модельных олигонуклеотидах показана возможность образования этой необычной структуры ДНК (Молекуляр. биология. 1992. Т.26. С.1263; J. Biomol. Struct. Dynam. 1995V. 13. P. 523). Однако бимолекулярная SL-структура, образованная самокомплементарными олигонуклеотидами, может существовать в виде сaмых различных изомеров, которые невозможно различить химическими методами. Лишь один из двух изомеров SLS может возникать в протяженных дуплексах ДНК, второй не является возможным структурным элементом укладки РНК. Для того, чтобы зафиксировать первый изомер и исключить образование другого, были созданы модельные системы - кольцевые олигомеры длиной 58 оснований, сохраняющие симметрию исходного бимолекулярного образца, что позволяет исследовать в дальнейшем столь большую молекулу методом 2D ЯМР. Циклизация SLS-образующих олигонуклеотидов проводилась с помощью химического и ферментативного лигирования. Химическое лигирование дало дополнительное свидетельство существования структуры со сдвинутыми петлями. Ферментативными методами удалось встроить рибонуклеотид в кольцевую одноцепочечную молекулу ДНК, что позволяет использовать химическое зондирование при исследовании структуры.