КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СИСТЕМ СОПРЯЖЕННЫХ ИОННО-ВОДОРОДНЫХ СВЯЗЕЙ В БЕЛКАХ
Демченко Е. Л., Карасев В. А.
Санкт-Петербургский государственный электротехнический университет, 197376 Санкт-Петербург
С целью анализа систем
сопряженных ионно-водородных связей (ССИВС), рассматриваемых в
качестве основы построения надмолекулярных биоструктур и универсальных
каналов переноса зарядов, проведено математическое моделирование
ССИВС и их трассировка в олигомерных белках, с использованием
компьютерной программы Protein
3D. В качестве модельного объекта была проанализирована тетрамерная
структура гемоглобина человека, находящегося в трех состояниях:
окси-, деокси- и монооксигенированном. Координаты атомов структур
белков получены из Protein Data Bank.
Найдено, что в отдельных субъединицах большое число ССИВС имеют
малую протяженность, тогда как в комплексах
a-b субъединиц
и в тетрамерах за счет групп, находящихся в других субъединицах,
ССИВС объединяются и частично переходят из одной субъединицы в
другую. В зависимости от степени окисленности в структуре ССИВС
происходят некоторые изменения. В целом, в структуре гемоглобина
полностью реализуется принцип непрерывности ССИВС.