КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СИСТЕМ СОПРЯЖЕННЫХ ИОННО-ВОДОРОДНЫХ СВЯЗЕЙ В БЕЛКАХ

Демченко Е. Л., Карасев В. А.
Санкт-Петербургский государственный электротехнический университет, 197376 Санкт-Петербург
С целью анализа систем сопряженных ионно-водородных связей (ССИВС), рассматриваемых в качестве основы построения надмолекулярных биоструктур и универсальных каналов переноса зарядов, проведено математическое моделирование ССИВС и их трассировка в олигомерных белках, с использованием компьютерной программы Protein 3D. В качестве модельного объекта была проанализирована тетрамерная структура гемоглобина человека, находящегося в трех состояниях: окси-, деокси- и монооксигенированном. Координаты атомов структур белков получены из Protein Data Bank. Найдено, что в отдельных субъединицах большое число ССИВС имеют малую протяженность, тогда как в комплексах a-b субъединиц и в тетрамерах за счет групп, находящихся в других субъединицах, ССИВС объединяются и частично переходят из одной субъединицы в другую. В зависимости от степени окисленности в структуре ССИВС происходят некоторые изменения. В целом, в структуре гемоглобина полностью реализуется принцип непрерывности ССИВС.