Данная работа посвящена разработке модели электростатических взаимодействий белка пластоцианина с тилакоидной мембраной и встроенными в нее белковыми комплексами. С использованием уравнения Пуассона-Больцмана были рассчитаны электростатические потенциалы белков, участвующих в процессе переноса электрона, и тилакоидной мембраны при различных значениях ионной силы.
Работа посвящена компьютерной имитационной модели диффузии и взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f в растворе. Модель является многочастичной и позволяет моделировать несколько сотен белков в растворе. С помощью данной модели мы изучали кинетические характеристики образования комплекса пластоцианин-цитохром f для мутантов пластоцианина для различных значений pH и ионной силы раствора.
Работа посвящена разработке метода прямого компьютерного моделирования диффузии белков-подвижных переносчиков электрона и их взаимодействия с другими белками и белковыми комплексами в трехмерном пространстве. Метод является развитием метода прямого моделирования электронного транспорта в тилакоидной мембране, описанным ранее. Построена трехмерная компьютерная модель взаимодействия подвижного переносчика электрона белка пластоцианина с белком цитохромом f (одним из компонентов цитохромного комплекса) в растворе. Построенная модель позволила изучить влияние ионной силы на кинетические характеристики взаимодействия пластоцианина и цитохрома f.
В работе рассмотрены процессы взаимодействия подвижного переносчика пластоцианина с комплексом фотосистемы 1 и цитохромным комплексом. Построены прямая и кинетическая модели взаимодействия пластоцианина с ФС1 и cyt, оценены параметры прямой модели по экспериментальным данным. На кинетической модели исследовано влияние обратных реакций на характер кинетических кривых.
Построена многочастичная модель циклического Fd-зависимого электронного транспорта вокруг PSI, дающая возможность «прямого» моделирования процессов переноса электрона в мультиферментных комплексах и ограниченной диффузии подвижных переносчиков в отдельных компартментах системы (строма, люмен, внутримембранное пространство). Результаты прямого моделирования указывают на важную роль пространственной организации системы в формировании кинетики редокс-превращений P700.
Грачев А. А., Фэролл К.Определение параметра теории Монина-Обухова по данным стандартных метеорологических наблюдений над морем // Изв. АН. Физика атмосферы и океана, 1998, т. 34, (4, с. 498 - 507.
Грачев А. А., Панин Г. Н.Параметризация явного и скрытого потоков тепла над водной поверхностью в штилевую погоду в естественных условиях // Изв. АН СССР. Физика атм. и океана, 1984, т. 20, N4, с. 364 - 371.