Методами ограниченного протеолиза, денатурирующего электрофореза и последующего секвенирования исследовали структуру изолированного (CF₁) и связанного с тилакоидной мембраной (CF_oCF₁) сопрягающего фактора. На N-концевом участке a-субъединицы изолированного фермента выявлен экспонированный наружу участок, включающий пептидные связи E17-G18, R21-E22, E22-V23 и K24-V25. Разрыв пептидных связей при аминокислотных остатках Е22 и/или V25 приводит к ослаблению межсубъединичных взаимодействий и частичной диссоциации a- и g-субъединиц. На N-концевом участке b-субъединицы идентифицирована экспонированная наружу связь L14-E15. Протеолитической атаке подвергаются также связи aS86-S87, aE125-S126, aR127-128 и bV76-A77. Доступность этих связей действию протеаз согласуется с компьютерной моделью структуры изолированного CF₁. Показано, что связь K204-C205, становящаяся доступной протеазе при восстановлении g-субъединицы CF₁, маскируется при инициировании каталитичской реакции MgATP. При протеолизе CF₁, связанного с тилакоидной мембраной, атаке подвергаются также связи aR140-S141, aG160-R161 и bG102-G103. В отличие от изолированного CF₁ b-субъединица связанного с мембраной сопрягающего фактора значительно более чувствительна к протеолизу. В продуктах протеолиза a-субъединицы не обнаруживаются полипептиды, образующиеся при расщеплении связей aE17-G18 и aE22-V23 изолированного CF₁. Эти результаты свидетельствуют о существенных различиях в структуре CF₁ в изолированном и связанном с мембраной состоянии. Энергизация тилакоидных мембран, вызываемая освещением, приводит к маскированию ряда пептидных связей, и в частности, связи aG160-R161. Восстановление g-субъединицы, наоборот, вызывает увеличение доступности ряда связей, в том числе и связи aG160-R161.