РАСЧЕТ ПОЛНОЙ СТРУКТУРЫ МОЛЕКУЛЫ КОЛЛАГЕНА

Мильчевский Ю. В., Жоров Б. С., Есипова Н. Г., Туманян В. Г.
Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН, 117984 Москва
Проведен расчет трехмерной структуры коллагена III - белка, в молекуле которого три a1-цепи. Расчет проведен методом молекулярной механики с использованием параметров Шераги без априорных предположений. Получены координаты атомов и показано, что параметры спирали удовлетворительно объясняют экспериментальные данные. Анализ атомной структуры показал, что энергетически выгодно чередование односвязной или двусвязной моделей (по числу Н-связей на триплет аминокислот) в соответствии с наличием амино- или иминокислоты во втором положении в триплете Гли-X-Y. Установлено, что энергия стабилизации структуры гидратной водой одинакова в областях с последовательностями Гли-Ала-Опро и Гли-Про-Ала. Таким образом, впервые объяснено, почему в составе коллагеновой молекулы последовательности с амнокислотами во втором положении оказываются более стабильными, чем в гомополитрипептидах, типа Гли-аминокислота-иминокислота. Выделены последовательности, которые можно использовать для биоинженерии коллагенов. Работа поддержана грантом РФФИ (98-04-48755).