ИММУНОДОМИНАНТНЫЙ ЭПИТОП БЕЛКА GP120 HIV-1 ФОРМИРУЕТ В РАСТВОРЕ КОНФОРМАЦИЮ ДВОЙНОГО B-ИЗГИБА
Андрианов А. М.
Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси, 220141 Минск, Республика Беларусь
На основе совместного
анализа данных Брукхейвенского банка белковых структур и результатов,
полученных при изучении основной антигенной детерминанты (ОАД)
HIV-1, предпринята попытка доказать, что предложенная ранее модель
трехмерной структуры гексапептида Gly-Pro-Gly-Arg-Ala-Phe, формирующего
предполагаемый иммунодоминантный эпитоп вируса, адекватно отражает
основные конформационные особенности соответствующего участка
белка gp120. Для проверки этого предположения осуществлен компьютерный
поиск белковых фрагментов, имеющих гомологичные гексапептиду первичные
структуры; сопоставление с конформациями гомологичных фрагментов
39-44 белка Бенс-Джонса REI, 41-46 иммуноглобулина l и 50-55 b-цепи
гемоглобина лошади, обнаруженных в результате компьютерного поиска.
Сравнительный анализ конформаций показал, что структура двойного
b-изгиба, наблюдаемая на участке Gly-Pro-Gly-Arg-Ala-Phe пептидов
rp70, rp142, rp342, не подвергается существенным деформациям при
его вовлечении в более сложные сети межостаточных контактов. Полученные
данные свидетельствуют о высокой вероятности ее сохранения и в
полипептидной цепи белка gp120 HIV-1. В пользу предлагаемой структурной
модели свидетельствует ряд экспериментальных данных. Данные расчета,
указывающие на то, что иммунодоминантный эпитоп белка gp120 HIV-1
формирует в растворе конформацию двойного b-изгиба, полностью
согласуются с результатами рентгеноструктурного анализа комплекса
пептида rp142 с Fab-фрагментом моноклонального антитела.