REGSCAN: КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ПРОТЯЖЕННЫХ РЕГУЛЯТОРНЫХ РАЙОНОВ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК.

Бабенко В. Н., Косарев П. С., Левицкий В. Г., Вишневский О. В., Базин В. В., Фролов А. С.
Лаборатория теоретической генетики, Институт цитологии и генетики, 630090 Новосибирск
Разработана компьютерная система RegScan для анализа протяженных регуляторных районов. Компьютерная система включает следующие модули: программы для классификации выборки промоторов на ТАТА- содержащие / не содержащие, и промоторы с/без CpG -островами. Программы, вычисляющие а) профиль нуклеотидных частот, б) профили сложности последовательностей, в) профили конформационных и физико - химических свойств последовательностей. Программа поиска и визуализации простых повторов в нуклеотидных последовательностях; Программы построения наборов вырожденных олигонуклеотидов фиксированной длины. Система была применена к выборке промоторов из EPD (Bucher 1990). Получены результаты относительно конформационно - контекстных особенностей ТАТА - бокса (Kosarev, Babenko 1998, Vishnevsky et al., 1998).