НОВЫЙ ПОДХОД К МОДЕЛИРОВАНИЮ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ КОНФОРМАЦИОННО ЛАБИЛЬНЫХ ПЕПТИДОВ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ СПЕКТРОСКОПИИ ЯДЕРНОГО ЭФФЕКТА ОВЕРХАУЗЕРА

Андрианов А. М.
Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси, 220141 Минск, Республика Беларусь
Рассмотрен новый подход к расчету пространственной структуры конформационно лабильных пептидов по данным спектроскопии ядерного эффекта Оверхаузера (ЯЭО). Подход включает 2 основных этапа: 1) формирование на основе данных ЯЭО начальных приближений пептида - конформаций индивидуальных аминокислотных остатков, 2) моделирование трехмерной структуры молекулы с помощью методов молекулярной механики. Предлагаемый подход представляет собой модифицированную версию разработанного ранее (Sherman S.A., Andrianov A.M., Akhrem A.A. // J. Biomol. Struct. Dynam. 1988. V. 5, № 4. P. 785-801) метода, основанного на совместном использовании алгоритмов теоретического конформационного анализа и данных спектроскопии ЯМР. Подход апробирован в процессе расчета на основе данных спектроскопии ЯЭО трехмерной структуры пептидов rp70, rp142 и rp342, содержащих иммунодоминантный эпитоп белка gp120 оболочки вируса иммунодефицита человека типа 1.