НОВЫЙ ПОДХОД К МОДЕЛИРОВАНИЮ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ КОНФОРМАЦИОННО ЛАБИЛЬНЫХ ПЕПТИДОВ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ СПЕКТРОСКОПИИ ЯДЕРНОГО ЭФФЕКТА ОВЕРХАУЗЕРА
Андрианов А. М.
Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси, 220141 Минск, Республика Беларусь
Рассмотрен новый подход
к расчету пространственной структуры конформационно лабильных
пептидов по данным спектроскопии ядерного эффекта Оверхаузера
(ЯЭО). Подход включает 2 основных этапа: 1) формирование на основе
данных ЯЭО начальных приближений пептида - конформаций индивидуальных
аминокислотных остатков, 2) моделирование трехмерной структуры
молекулы с помощью методов молекулярной механики. Предлагаемый
подход представляет собой модифицированную версию разработанного
ранее (Sherman S.A., Andrianov A.M., Akhrem A.A. // J. Biomol.
Struct. Dynam. 1988. V. 5, № 4. P. 785-801) метода, основанного
на совместном использовании алгоритмов теоретического конформационного
анализа и данных спектроскопии ЯМР. Подход апробирован в процессе
расчета на основе данных спектроскопии ЯЭО трехмерной структуры
пептидов rp70, rp142 и rp342, содержащих иммунодоминантный эпитоп
белка gp120 оболочки вируса иммунодефицита человека типа 1.