ПЕРИОДИЧНОСТИ В РАСПОЛОЖЕНИИ НУКЛЕОТИДОВ НА УЧАСТКЕ НАЧАЛА РЕПЛИКАЦИИ ХРОМОСОМЫ ORIC ИЗ E.coli
Баландина А. В., Кутузова Г. И., Макеев В. Ю., Франк Г. К.
Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН, 117984 Москва; Институт биохимии им.А.Н. Баха РАН, 117071 Москва
Методом матричного Фурье-анализа
изучены закономерности расположения нуклеотидов в области точки
начала репликации E.coli (421 пара оснований ДНК). Показано
наличие периодичностей разного масштаба в нуклеотидной последовательности
области oriC. Наиболее четко выражены периодичности, соответствующие
периоду T=3, 11, 17, 19, 38, 56, 90 нуклеотидов. Пик с
максимальной спектральной мощностью расположен в фурье-спектре
oriC в районе периода T=90 нуклеотидов. Менее четко
выражены периодичности, соответствующие периоду Т= 7, 9,
13, 15, 18, 24, 48 нуклеотидов. В спектре для минимальной области
oriС E.coli (245 пар оснований ДНК) наиболее четко
выражен пик, соответствующий периодичности в 17 нуклеотидов, также
присутствуют периодичности в два, три нуклеотида, значительная
спектральная мощность наблюдается в районе Т=96 нуклеотидов.
Методом скользящего окна продемонстрирована неоднородность участка
начала репликации - разные фрагменты ДНК содержат разные
наборы периодичностей. Показано, что участок ДНК oriC,
являющийся местом посадки регуляторного белка DnaA, отличается
особым видом фурье-спектра. Обсуждается связь между видом фурье-спектра
и расположением точек контактов регуляторных белков (HU, DnaA
и др.). Работа поддержана РФФИ (97-04-49707).