Сравнительный анализ является одним из наиболее действенных способов предсказания пространственной структуры РНК. Мы применили его для анализа структурных элементов, регулирующих инициацию трансляции оперонов рибосомальных белков Escherichia coli и Haemiphilus influenzae. Хорошо известно, что в энтеробактериях трансляция большинства оперонов рибосомальных белков регулируется путем связывания одного из кодируемых белков с РНКовым регуляторным элементом на 5' конце полицистронного транскрипта. Этот элемент обычно представляет из себя шпильку или псевдоузел, затрагивающий участок Шайна-Дальгарно и/или стартовый кодон. Экспрессия проксимальных генов регулируется за счет трансляционного спаривания, возникающего из-за реинициализации трансляции. Аналогичные механизмы в H.influenzae не были изучены. Мы обнаружили в H.influenzae структуры, регулирующие инициацию трансляции следующих оперонов:

• spc (шпилька, узнаваемая белком S8),
• S10 (шпилька, узнаваемая белком L4),
• L11-L1 (шпилька, узнаваемая белком L1),
• (псевдоузел, узнаваемый белком S13),
• S15 (альтернативные структуры: две шпильки или псевдоузел, узнаваемый белкм S15).

Не консервативны регуляторные элементы следующих оперонов: str, rpmIrplT, rpsT, rpsA, b. В настоящее время производится анализ аттенюаторов оперонов синтеза ароматических аминокислот.