СТРУКТУРНО-ДИНАМИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ДНК: НОВЫЕ МИКРОСТРУКТУРНЫЕ МОДЕЛИ
Говорун Д. Н., Степанюгин А. В., Харченко В. М.
Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, 252143 Киев, Украина
Представлены новые физико-химические
модели, касающиеся структурно-динамической организации ДНК и ее
функционирования. Структурно-динамическая модель спонтанных приоткрытых
состояний ДНК основывается на впервые зафиксированых авторами
конфигурационной неустойчивости уотсон-криковской пары Ade:Thy
и внутренним вращением аминогрупп Ade, Gua и Cyt, находящихся
в комплементарном спаривании. Пара Ade:Thy может переходить из
классического состояния в метастабильное неканоническое, которое
удерживается двумя Н-связями N3H...N1и C2H...O2, а переходное
состояние вращения аминогрупп стабилизируется парой бифуркационных
Н-связей, образованных аминными связями NH, и комплементарными
акцепторами протона. Рассмотрена микроструктурная модель пространственной
искривленности линейной ДНК. Она отталкивается от развитых авторами
новых представлений о специфичности вертикальных (стэкинговых)
взаимодействий комплементарных пар оснований и наличия в нуклеозидах
внутримолекулярных Н-связей. Кроме делокализованных p-p-взаимодействий,
стэкинг также включает локальные кулоновские контакты неподеленных
электронных пар аминных атомов азота с атомами водорода и (или)
углерода соседних (верхних или нижних) молекул, несущими на себе
положительный заряд. Разработана нелинейно-динамическая модель
дальнодействия в ДНК. Здесь в качестве слабозатухающего носителя
дальнодействия рассматривается коллективная инверсия аминогрупп
спаренных оснований. Детально рассмотрены процессы формирования
нелинейного сигнала дальнодействия, основанные на зависимости
структурной нежестости оснований с аминогруппой зарядового состояния,
и его рецепции. Предложен новый механизм генотоксического действия
УФ-излучения на ДНК. В основе его лежит упрощение топологии гиперповерхности
потенциальной энергии как изолированых оснований, так и их Уотсон-Криковских
пар при переходе в первое возбужденное электронное состояние.
Это является источником несанкционированных нелинейных конформонов,
распространяющихся вдоль ДНК и нарушающих тем самым синхронизированые
в пространстве и во времени специфические контакты с белками,
ответственные за реализацию генетической информации. Проанализированы
молекулярно-кинетические механизмы предплавления ДНК. Показано,
что оно сводится, по сути, к термотропному мезогенезису. Представленные
модели положены в основу выдвинутой авторами физико-химической
концепции функционирования ДНК.