Выбор частот и формы модуляции ультразвука с целью усиления тех или иных эффектов зависит от объекта и требует специальных исследований. Фрагментарные литературные данные позволяют предположить, что для большинства биологических систем наиболее эффективные частоты модуляции лежат в области 1 - 1000 Гц. Наиболее информативным для получения частотно-зависимых эффектов является равноэнергетическое воздействие гармоническими частотами по сравнению с импульсными воздействиями. Это связано с тем, что воздействие проводится фактором с хорошо контролируемыми параметрами, в то время как импульсный сигнал содержит в себе значительное количество различных частот и выделить эти частоты, например, фурье-анализом, проанализировать весовые вклады каждой частоты в наблюдаемый эффект на фоне возможных эффектов остальных частот становится практически невозможным. В этом случае каждая частота будет являться управляющим фактором, эффективным в разной степени для разных функциональных частей биологических систем. Особое внимание в этих экспериментах должно уделяться одинаковым условиям содержания биосистем и условиям воздействия, так как внесение дополнительных факторов воздействия, например, изменение состава питательных сред при исследовании систем in vitro, дополнительные стрессорные воздействия, меняющие функциональные состояния систем in vivo могут внести значительные искажения в регистрацию частотно-зависимых эффектов модулированного ультразвука и других физических факторов. Оптимизация ультразвуковой терапии с помощью гибкого управления модуляционными режимами является актуальной задачей медицинской акустики и требует дальнейшей разработки.