"НЕОБЫЧНЫЕ" ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА НУКЛЕОТИДНЫХ ОСНОВАНИЙ И ИХ ВОЗМОЖНОЕ БИОЛОГИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ
Говорун Д. Н., Мищук Я. Р., Кондратюк И. В., Потягайло А. Л.
Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, 252143 Киев, Украина
Современными полуэмпирическими
квантово-химическими методами зафиксирован ряд "необычных",
с точки зрения существующих в структурной биологии и молекулярной
биофизике стереотипов, структурно-динамических свойств канонических
и модифицированных оснований ДНК. Установлено, что основания с
экзоциклической аминогруппой имеют сложную топологию гиперповерхности
потенциальной энергии. В результате этого их низкоэнергетическая
интерконверсия - плоскостная инверсия - представляет собой веерное
неплоскостное колебание большой амплитуды фрагмента іCNH2,
а высокоэнергетическая - внутреннее анизотропное вращение аминогруппы
вокруг экзоциклической связи CN. При этом аминные связи NH являются
существенно неэквивалентными как в статическом, так и в динамическом
смыслах. В переходных состояниях плоскостной инверсии и вращения
аминогруппы неэквивалентность соответственно, максимально увеличивается
и сводится к нулю. Показано, что ведущим стереохимическим фактором
структурной нежесткости оснований с аминогруппой, сопровождающейся
дипольной неустойчивостью, есть взаимодейстие неподеленной электронной
пары аминного атома азота с остальной частью молекулы. Зафиксировано
наличие в основаниях ДНК взаимозависимых внутримолекулярных водородных
связей типа NH...N и (или) NH...O. Установлено, что стереохимическая
нежесткость оснований ДНК с аминогруппой влечет за собой высокую
структурную мягкость их уотсон-криковских пар. В результате этого
пары под воздействием межмолекулярных взаимодействий могут принимать
непланарную конфигурацию со значительными значениями угла излома
и пропеллер-твиста. Ведущая роль в этом эффекте принадлежит кулоновским
контактам неподеленной электронной пары аминного атома азота с
атомами углерода или водорода соседних (верхних или нижних) молекул.
Именно такие специфические контакты, которые в отдельных случаях
могут рассматриваться как вертикальные Н-связи, позволяют объяснить
ряд неординарных оптико-физических свойств кристаллов компонентов
нуклеиновых кислот. Детально рассмотрено возможное биофизическое
значение вышеизложенных эффектов. Главное из них состоит в том,
что они обеспечивают такие функционально важные свойства как чрезвычайно
высокую податливость ДНК к внешним механическим усилиям, ее низкоэнергетическое
нелинейно-динамическое поведение и зависящую от последовательности
нуклеотидов пространственную искривленность.