ВЛИЯНИЕ ЛОКАЛЬНОЙ КОНФОРМАЦИИ ДНК НА СВЯЗЫВАНИЕ БИСНЕТРОПСИНОВ В МАЛОЙ БОРОЗДКЕ ДНК
Суровая А. Н., Гроховский С. Л., Письменский В. Ф., Гурский Г. В.
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, 117984 Москва
Методом КД и УФ-спектроскопии,
а также флуоресцентными методами исследовано взаимодействие с
олигонуклеотидными дуплексами двух биснетропсинов, содержащих
в качестве короткого линкера cis-диаминоплатину (II) -
( Nt-Pt(NH3)2-Nt) или гибкую цепочку, состоящую из пяти
метиленовых звеньев (Nt-(CH2)5-Nt). В обоих лигандах
нетропсиновые фрагменты были присоединены в одинаковой ориентации
(хвост к хвосту). Показано, что Nt-Pt(NH3)2-Nt обладает
наибольшим сродством к последовательности 5'-TTTTAAAA-3'. Расположение
блока А4 на 5'-конце уменьшает сродство Nt-Pt(NH3)2-Nt
к ДНК. Эффект, вероятно, связан со способностью блока 5'-Т4A4-3'
изгибаться в сторону широкой бороздки, расширяя при этом малую,
что выгодно для связывания Nt-Pt(NH3)2-Nt. Биснетропсин,
Nt-(CH2)5-Nt, имеющий гибкий линкер, при той же ориентации
нетропсиновых фрагментов, что и Nt-Pt(NH3)2-Nt, имеет
одинаковое сродство к ДНК независимо от расположения блоков Т4
и А4 относительно 5'-конца дуплекса. Дифференциальные спектры
КД, вычисленные для комплексов исследованных биснетропсинов с
олигонуклеотидными дуплексами, имеющими расширенную малую бороздку,
приобретают характерную форму с двумя длинноволновыми максимумами.
Этот факт свидетельствует о связывании биснетропсинов в конформации
шпильки, в которой нетропсиновые фрагменты образуют параллельный
двутяжевый мотив. Показано, что для специфического связывания
Nt-Pt(NH3)2-Nt и Nt-(CH2)5-Nt важна как определенная
нуклеотидная последовательность, так и локальная конформация малого
жолоба ДНК.