БАЗА ЗНАНИЙ ПО БИОЛОГИИ ЧЕЛОВЕКА
Александров А. А., Дроздов Л. Н., Тихомиров, Скурида Г. И., Бучатский А.
ИМГ РАН, Отдел биоинформатики и молекулярной биофизики
Опубликована первая версия
гипертекстовой Базы Знаний (БЗ) по биологии человека в Интернете
(Мол.биол. 1999,
т.
33, №
1
стр. 80-85).
БЗ организована аналогично печатным источникам информации. Входами
в БЗ являются система оглавлений, предметный каталог (каталог
всех имен записей) и тематические каталоги (белков, генов,
клеток, заболеваний и т. д.) Выйдя с помощью этих средств в какую-то
окрестность необходимого раздела БЗ, пользователь осуществляет
навигацию по гипертекстовой сети от записи к записи. При этом
пользователь может идентифицировать связи между объектами БЗ,
заранее не заложенные в систему, т.е. получать новые знания. Для
облегчения навигации в БЗ реализована система идентификации обратных
ссылок, т.е. списка записей, ссылающихся на данную запись. Это
позволяет просматривать записи расположенные не только "ниже"
текущей записи, но и "выше" нее. Компьютерная энциклопедия
состоит из разделов (баз данных), соответствующих основным направлениям
науки о человеке - физиология, клеточная биология, генетика,
биохимия, молекулярная биология, патология. Записи разных
БД связаны гипертекстовыми ссылками и работают в системе как единая
БД. В настоящее время БЗ содержит около 60 тыс. записей, включая
библиографические ссылки (около 20 Мб информации в текстовом формате),
около 500 иллюстраций.. С технической точки зрения, "Энциклопедия
человека" представляет собой систему гипермедиа, погруженную
в среду World Wide Web,
и состоит из четырех логических уровней. Эти уровни - форматы
хранения документов, прикладные программы создания и редактирования
документов, программное обеспечение Web
сервера с входящими в него ISAPI-компонентами,
преобразующими данных в форматы, распространенные в
WWW и встраиваемые
компоненты браузера. В системе описано около 3000 генов, около
1500 белков и их функциональных связей, приведено более 10 тысяч
библиографических ссылок. Организован доступ к БД
EMBL, SWISSPROT, PDB
(Брукхевенская БД) и др. Разработана программа, показывающая скелетную
структуру белков (с возможностью поворотов и идентификации аминокислот).
Это единственная система, где дано связное описание функционирования
биологических систем человека от физиологического до молекулярного
уровня организации (А.А. Александров и др. Компьютерная энциклопедия
по молекулярной и общей биологии человека). Работа поддержана
грантом РФФИ 98-07-91121.