БАЗА ЗНАНИЙ ПО БИОЛОГИИ ЧЕЛОВЕКА

Александров А. А., Дроздов Л. Н., Тихомиров, Скурида Г. И., Бучатский А.
ИМГ РАН, Отдел биоинформатики и молекулярной биофизики
Опубликована первая версия гипертекстовой Базы Знаний (БЗ) по биологии человека в Интернете (Мол.биол. 1999, т. 33, № 1 стр. 80-85). БЗ организована аналогично печатным источникам информации. Входами в БЗ являются система оглавлений, предметный каталог (каталог всех имен записей) и тематические каталоги (белков, генов, клеток, заболеваний и т. д.) Выйдя с помощью этих средств в какую-то окрестность необходимого раздела БЗ, пользователь осуществляет навигацию по гипертекстовой сети от записи к записи. При этом пользователь может идентифицировать связи между объектами БЗ, заранее не заложенные в систему, т.е. получать новые знания. Для облегчения навигации в БЗ реализована система идентификации обратных ссылок, т.е. списка записей, ссылающихся на данную запись. Это позволяет просматривать записи расположенные не только "ниже" текущей записи, но и "выше" нее. Компьютерная энциклопедия состоит из разделов (баз данных), соответствующих основным направлениям науки о человеке - физиология, клеточная биология, генетика, биохимия, молекулярная биология, патология. Записи разных БД связаны гипертекстовыми ссылками и работают в системе как единая БД. В настоящее время БЗ содержит около 60 тыс. записей, включая библиографические ссылки (около 20 Мб информации в текстовом формате), около 500 иллюстраций.. С технической точки зрения, "Энциклопедия человека" представляет собой систему гипермедиа, погруженную в среду World Wide Web, и состоит из четырех логических уровней. Эти уровни - форматы хранения документов, прикладные программы создания и редактирования документов, программное обеспечение Web сервера с входящими в него ISAPI-компонентами, преобразующими данных в форматы, распространенные в WWW и встраиваемые компоненты браузера. В системе описано около 3000 генов, около 1500 белков и их функциональных связей, приведено более 10 тысяч библиографических ссылок. Организован доступ к БД EMBL, SWISSPROT, PDB (Брукхевенская БД) и др. Разработана программа, показывающая скелетную структуру белков (с возможностью поворотов и идентификации аминокислот). Это единственная система, где дано связное описание функционирования биологических систем человека от физиологического до молекулярного уровня организации (А.А. Александров и др. Компьютерная энциклопедия по молекулярной и общей биологии человека). Работа поддержана грантом РФФИ 98-07-91121.