HS-TRRD: БАЗА ДАННЫХ ПО РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ ГЕНОВ ТЕПЛОВОГО ШОКА
Степаненко И. Л.
Институт цитологии и генетики, Сибирское Отделение РАН, 630090 Новосибирск
База данных HS-TRRD входит
в систему интегрированных баз данных, представленных в формате
SRS и доступных для свободного пользования через систему Internet
по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/ systems/GeneExpress/.
В базе данных HS-TRRD, являющейся частью TRRD (Transcription Regulatory
Regions Database), накапливается информация о регуляции транскрипции
генов теплового шока. Белки теплового шока характеризуются усиленной
экспрессией в ответ на повышение температуры или влияние вредных
факторов внешней среды, таких как соли тяжелых металлов, гипоксия
и вирусная инфекция, и служат биологическими маркерами неблагоприятного
состояния организма. В клетке белки теплового шока являются молекулярными
шаперонами, участвуют в правильном свертывании полипептидных цепей,
их транспорте через мембрану в различные компартменты клетки,
а в условиях стресса препятствуют агрегации белков. В настоящее
время база данных HS-TRRD содержит формализованное описание регуляции
транскрипции 50 генов теплового шока эукариот. Большее количество
экспериментальных данных, описанных в базе данных, относится к
регуляции транскрипции гена hsp70. База HS-TRRD включает стресс-индуцибельные
гены и гены транскрипционных факторов теплового шока. Анализ данных,
представленных в базе HS-TRRD, позволяет построить модель ответа
на тепловой шок. Данная работа поддерживается грантом INTAS-96-1787.