В клетках эукариот протекает множество превращений органических молекул и различных физических явлений. Среди них можно выделить особый класс, на котором построены структуры, осуществляющие координатное, параметрическое и структурное управление различными клеточными процессами. Для того чтобы проводить диагностику, ремонт (лечение), обслуживание (эксплуатацию) и проектирование более совершенных структур такого типа, необходимо иметь целостные, системные представления о них. При этом требуется выделить цель управления, представить управляющую структуру на уровне процессов, структуры функций и структуры связей, морфологии и материала. Также необходимо выделить критерии качества управления и ограничения. Ответить на вопрос об обеспечении надежности, живучести и согласования. Метод анализа биомолекулярных структур, предложенный нами, основывается на системных представлениях, методах, разработанных для анализа и синтеза управляющих структур, теории алгоритмов и программ, теории автоматического управления. На основе морфологических данных, математического моделирования свойств элементов и модулей, с одной стороны, и понимания функциональной структуры, с другой стороны, выстраивается системное представление об управляющей структуре. С помощью предложенной нами методики в работе приводится анализ биомолекулярных структур, управляющих двигательной активностью инфузорий и резервами сахара, запасенными в виде гликогена, в скелетной мышечной клетке.