Изучалось влияние эволюционной зависимости аминокислотных последовательностей на оценку коэффициентов корреляции между величинами физико-химических свойств в парах позиций белка. Моделировались наборы случайных последовательностей аминокислот, имитирующих белковое семейство. Эволюционная зависимость последовательностей задавалась в виде филогенетического древа и учитывалась при генерации последовательностей. Были исследованы различные режимы эволюции белкового семейства, которые характеризовались различными топологиями деревьев. Рассматривались три типа белковых позиций: а). с независимой фиксацией аминокислотных замен; б). пары позиций, в которых замены аминокислот происходят зависимым образом; в). группы позиций в которых в ходе эволюции интегральная физико-химическая характеристика поддерживается на постоянном уровне. Показано, что существование эволюционной зависимости между белковыми последовательностями приводит к увеличению дисперсии оценок парных коэффициентов корреляции. Предложен способ оценки "эффективного размера" выборки, для учета эффекта эволюционной зависимости белковых последовательностей.