СПЕЦИФИЧЕСКИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ И СТАБИЛЬНОСТЬ ДВУХЦЕПОЧЕЧНЫХ СПИРАЛЬНЫХ СПИРАЛЕЙ В МИОЗИНАХ

Вишнепольский Б. М., Пирцхалава М. К.
Институт молекулярной биологии и биологической физики Академии наук Грузии, 380060 Тбилиси
Для оценки стабильности различных фрагментов миозина был проведен теоретический анализ конформации модельного фрагмента двухцепочечной параллельной спираль-спиральной структуры, в которой в a и d положениях гидрофобного ствола находятся наиболее распространенные неполярные остатки Ala, Leu, Val и Ile. Показано, что сближенность цепей определяется в основном взаимодействиями типа a-a' и d-d', а взаимодействия типа a-d' и d-a' могут играть важную роль лишь для некоторых пар, что особенно заметно для ad-пары Leu-Leu, которая стерически невыгодна и относительно редко встречается в спираль-спиральных белках. Для Ile и Val имеются некоторые стерические препятствия в d-положении, а пары, в которых обе аминокислоты имеют разветвления у Cb-атома в ещё большей степени будут дестабилизировать спиральную спираль. Таким образом, выделены остатки и пары остатков, которые дестабилизируют спираль-спиральную структуру и показано, что стабильность таких структур в основном определяется специфическими взаимодействиями. Учитывая это, было изучено распределение вышеупомянутых дестабилизирующих спиральную спираль гидрофобных остатков и пар остатков в фибрилярных частях тяжелых цепей различных миозинов и проведено сравнение LММ- и S2-последовательностей с точки зрения распределения пар остатков. Результаты показали, что дестабилизирующие спиральную спираль факторы в виде вышеупомянутых гидрофобных остатков и пар остатков, главным образом сосредоточены в S2-фрагментах тяжелых цепей миозинов в виде кластеров, что, естественно, и будет способствовать созданию дестабилизирующего фона в данном фрагменте.