СПЕЦИФИЧЕСКИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ И СТАБИЛЬНОСТЬ ДВУХЦЕПОЧЕЧНЫХ СПИРАЛЬНЫХ СПИРАЛЕЙ В МИОЗИНАХ
Вишнепольский Б. М., Пирцхалава М. К.
Институт молекулярной биологии и биологической физики Академии наук Грузии, 380060 Тбилиси
Для оценки стабильности
различных фрагментов миозина был проведен теоретический анализ
конформации модельного фрагмента двухцепочечной параллельной спираль-спиральной
структуры, в которой в a и d положениях гидрофобного
ствола находятся наиболее распространенные неполярные остатки
Ala, Leu, Val и Ile. Показано, что сближенность цепей определяется
в основном взаимодействиями типа a-a' и d-d', а
взаимодействия типа a-d' и d-a' могут играть важную
роль лишь для некоторых пар, что особенно заметно для ad-пары
Leu-Leu, которая стерически невыгодна и относительно редко встречается
в спираль-спиральных белках. Для Ile и Val имеются некоторые стерические
препятствия в d-положении, а пары, в которых обе аминокислоты
имеют разветвления у Cb-атома
в ещё большей степени будут дестабилизировать спиральную спираль.
Таким образом, выделены остатки и пары остатков, которые дестабилизируют
спираль-спиральную структуру и показано, что стабильность таких
структур в основном определяется специфическими взаимодействиями.
Учитывая это, было изучено распределение вышеупомянутых дестабилизирующих
спиральную спираль гидрофобных остатков и пар остатков в фибрилярных
частях тяжелых цепей различных миозинов и проведено сравнение
LММ- и S2-последовательностей с точки зрения распределения пар
остатков. Результаты показали, что дестабилизирующие спиральную
спираль факторы в виде вышеупомянутых гидрофобных остатков и пар
остатков, главным образом сосредоточены в S2-фрагментах тяжелых
цепей миозинов в виде кластеров, что, естественно, и будет способствовать
созданию дестабилизирующего фона в данном фрагменте.