ВЛИЯНИЕ РЕЛАКСИРУЮЩИХ И ДЕНАТУРИРУЮЩИХ ФАКТОРОВ НА ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКУЮ ПОДВИЖНОСТЬ КОВАЛЕНТНО-ЗАМКНУТЫХ КОЛЬЦЕВЫХ ДНК

Филипп Б. С.
Институт прикладной физики АН РМ, 2028 Кишинев, Молдова
На 1-м Всесоюзном съезде биофизиков в 1982 г. обсуждалась предложенная мною альтернативная модель вторичной структуры ДНК -молекула ДНК представляется как двойная спираль, состоящая из чередующихся лево- и правозакрученных участков длиной 300-360 нуклеотидных пар (динуклеотидный повтор). Переходные отрезки, где происходит смена направления закручивания нитей, состоят из 5-6 альтернирующих ГЦ-пар. В такой модели разделение реплицирующихся цепей при репликации и транскрипции осуществляется за счет взаимного погашения разнонаправленных витков соседних участков без разрывов и воссоединения нитей. Поэтому при совместном действии in vitro peлаксирующих и денатурирующих агентов на суперспирализованные ковалентно-замкнутые кольцевые (ККЗ) ДНК возможно их разделение на отдельные однонитчатые кольца. Экспериментальная проверка осуществлена на плазмиде с использованием неионного детергента тритона Х-100 и методом щелочного удара с додецилсульфатом натрия. В качестве релаксирующих агентов использовали альбумин яичный, цитохром с при температуре 50-55°С; денатурирующий раствор имел рН 12. Электрофорез проводили в ацетатном буфере в 1,2%-м агарозном геле при комнатной температуре (2,5-3,0 В/см,17-18 ч) с рециркуляцией буферного раствора. Визуализацию полос проводили в УФ-свете после обработки гелей раствором бромистого этидия. Использованные белки уменьшили электрофоретическую подвижность ККЗ молекул до уровня релаксированных двунитчатых колец. При электрофорезе образцов, где изучалось совместное действие белков, температуры и рН 12 выявляются только полосы, соответствующие однонитчатым кольцам. При этом расплетающие свойства каждого из белков проявляются специфично и зависят от способа выделения плазмидной ДНК. Полученные результаты не находят объяснения в рамках общепринятой модели вторичной структуры ДНК.