ВЛИЯНИЕ РЕЛАКСИРУЮЩИХ И ДЕНАТУРИРУЮЩИХ ФАКТОРОВ НА ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКУЮ ПОДВИЖНОСТЬ КОВАЛЕНТНО-ЗАМКНУТЫХ КОЛЬЦЕВЫХ ДНК
Филипп Б. С.
Институт прикладной физики АН РМ, 2028 Кишинев, Молдова
На 1-м Всесоюзном съезде
биофизиков в 1982 г. обсуждалась предложенная мною альтернативная
модель вторичной структуры ДНК -молекула ДНК представляется
как двойная спираль, состоящая из чередующихся лево- и правозакрученных
участков длиной 300-360 нуклеотидных пар (динуклеотидный повтор).
Переходные отрезки, где происходит смена направления закручивания
нитей, состоят из 5-6 альтернирующих ГЦ-пар. В такой модели разделение
реплицирующихся цепей при репликации и транскрипции осуществляется
за счет взаимного погашения разнонаправленных витков соседних
участков без разрывов и воссоединения нитей. Поэтому при
совместном действии
in vitro peлаксирующих
и денатурирующих агентов на суперспирализованные ковалентно-замкнутые
кольцевые (ККЗ) ДНК возможно их разделение на отдельные однонитчатые
кольца. Экспериментальная проверка осуществлена на плазмиде с
использованием неионного детергента тритона Х-100 и методом щелочного
удара с додецилсульфатом натрия. В качестве релаксирующих агентов
использовали альбумин яичный, цитохром с при температуре
50-55°С; денатурирующий раствор имел рН 12. Электрофорез проводили
в ацетатном буфере в 1,2%-м агарозном геле при комнатной температуре
(2,5-3,0 В/см,17-18 ч) с рециркуляцией буферного раствора. Визуализацию
полос проводили в УФ-свете после обработки гелей раствором бромистого
этидия. Использованные белки уменьшили электрофоретическую подвижность
ККЗ молекул до уровня релаксированных двунитчатых колец. При электрофорезе
образцов, где изучалось совместное действие белков, температуры
и рН 12 выявляются только полосы, соответствующие однонитчатым
кольцам. При этом расплетающие свойства каждого из белков проявляются
специфично и зависят от способа выделения плазмидной ДНК. Полученные
результаты не находят объяснения в рамках общепринятой модели
вторичной структуры ДНК.