Исследование последствий интродукции генетически модифицированных микроорганизмов (ГММО) невозможно проводить в открытых экосистемах (ЭС), для этих целей необходимо использовать микрокосмы (МЭС) различной структуры, максимально приближенные к природным условиям. Моделирование МЭС можно проводить двумя способами. Первый подход - конструирование искусственных ЭС из известных фрагментов природных ЭС (водные ЭС с различной длиной трофической цепи; наземные ЭС с наиболее распространенными для определенных почв видами растений и др.); перенос ограниченных экологических ниш природных ЭС практически целиком в лабораторные условия (наиболее доступны для таких МЭС некоторые типы озерных и почвенных биоценозов). Второй подход - выделение ключевых факторов в конкретных природных ЭС и дальнейшее изучение их влияния на выживаемость и проявление гетерогенности в популяциях ГММО в острых опытах без использования МЭС. Провели исследование выживаемости популяций рекомбинантных и бесплазмидных штаммов Bacillus subtilis 2335/105 (Km^RInf⁺), B.subtilis 2335, Escherichia coli Z905 (Ap^RLux⁺) и E.coli K12 при влиянии ряда биотических и абиотических факторов. Пробная интродукция исследуемых микроорганизмов в МЭС разной сложности показала лучшую выживаемость бесплазмидных вариантов по сравнению с ГММО. Оба подхода (исследования в МЭС и острые опыты по оценке влияния ключевых факторов окружающей среды) демонстрируют возможность появления в популяциях ГММО (E.coli Z905, B.subtilis 2335/105) вариантов, проявляющих близкую к бесплазмидным штаммам способность к выживаемости, а иногда и более высокую. Сохранение рекомбинантной плазмиды и экспрессии клонированных генов зависит как от типа промотора (регулируемый или конститутивный), так и от сочетания ключевых факторов в окружающей среде. Предложены первичные схемы прогнозных оценок рисков на разных уровнях иерархии (от молекулярного до экосистемного).