Компартментное моделирование экосистем предполагает существование неотрицательных (трофических) связей между видами (компартментами) и наличие некоторых обратных (информационных) связей между кластерами и компартментами. Межкомпартментные связи при этом определяются элементами матриц , которые входят в общую блочно-треугольную матрицу межкластерных связей , обратные связи определяются матрицами (-функция выхода всей экосистемы- ) или входят непосредственно в матричную функцию . На общих моделях иерархических экологических систем вида:

, , где - вектор состояния системы , матрица представляет коэффициенты вклада каждого кластера в суммарный выход (продуктивность) всей иерархической экосистемы, матрица представляет внешние управляющие драйвы (например, миграции в кластеры),  - матричная функция межкомпартментных и межкластерных связей, исследовалась устойчивость отдельных кластеров к управляющим воздействиям . Рассмотрены случаи прямого и непрямого управления таких экосистем, когда управляющие воздействия изменяют коэффициент диссипации численности и величину внешнего управляющего воздействия U по законам:

; ; где ; .