Начало третьего тысячелетия ознаменовано накоплением огромного количества информации о структурной организации геномов живых организме" и экспрессируемых ими белков. Нa основе сравнительного анализа этих и сопутствующих функциональных данных идентифицируют мишени действия новых лекарственных препаратов. Становится реальностью конструирование лекарств, базирующееся на структурно-функциональных особенностях генов и белков человека и патогенных микроорганизмов. Вместе с тем, "узким местом" все еще остается недостаточное количество данных о функциональной организации организма, во многих случаях не позволяющее говорить даже гипотетически о физиологической роли тех или иных белков к организме. Таким образом, возрастает роль косвенной информации, которая способствует установлению структурно-функциональных взаимосвязей. Подобного pода данные получают, в основном, методами химической модификации, антигенного картирования и направленного мутагенеза белков-мишеней. Некоторую информацию о cтруктуре активных сайтов отдельных белков можно извлечь на основе известных данных о структуре и активности их низкомолекулярных лигандов путем построения моделей фармакофоров и количественных зависимостей "структура-активносгь". В то же время, рассмотрение всей совокупности белков отдельных органов/тканей либо всего организма в целом (протеомы) требует сравнительного анализа всех известных лигандов, взаимодействующих с этими белками. Поскольку в большинстве случаев фармакологические вещества должны действовать на белки-мишени микроорганизма, вызывающего заболевание, и не действовать на аналогичные белки человека, существенным становится анализ межвидовых различий. В докладе рассматриваются современные компьютерные методы анализа взаимосвязей "структура функция" и "структура-активность", являющиеся основой направленного конструирования лекарств, и некоторые результаты, полученные с их использованием.