Ограничение: только публикации, имеющие электронную версию
Найдено: 2087.
<< [441-460] [461-480] [481-500] [501-520] [521-540] [541-560] [561-580] [581-600] [601-620] [621-640] [641-660] >>
- Сысоева М. И., Марковская Е. Ф. Разработка и верификация фототермальной модели развития растений // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. тезисов 13-ой международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. 2006
- Твердислов В. А. Активные среды и проблема происхождения предшественников клеток // Проблемы регуляции в биологических системах / Под общей ред. А. Б. Рубина. – М.-Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.
- Федотова М. В., Кацнельсон Л. Б., Соловьева О. Э., Мархасин В. С. Одномерная математическая модель электрической и механической функции миокарда // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. тезисов 13-ой международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. 2006
- Фурсова П. В., Левич А. П. Дифференциальные уравнения в моделировании сообществ микроорганизмов // Успехи современной биологии, 2006, т. 126, вып. 2, с. 149-179
Представлен обзор моделей фигопланктонных и микробных сообществ, основанных на аппарате дифференциального исчисления. Приведены наиболее часто применяемые зависимости скоростей роста организмов от условий среды. Описаны различные подходы к учету факторов, лимитирующих развитие сообществ. Представлены модели конкуренции микроорганизмов за ресурсы, а также связанных с ней процессов перестройки структуры сообществ и конкурентного исключения видов. Затронут вопрос об управлении ростом и урожаем микроводорослей.
- Хебер У., Ланге О. Л., Шувалов В. А. Запасание и диссипация энергии света растениями как комплементарные процессы, участвующие в поддержании жизни растений // Проблемы регуляции в биологических системах / Под общей ред. А. Б. Рубина. – М.-Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.
Взаимосвязь между фотосинтетическим запасанием и тепловой диссипацией энергии света рассмотрена на примере фотосинтезирующих организмов, способных выносить полное обезвоживание на сильном свету без существенных фотоокислительных нарушений. Когда вода становится доступной высохшим пойкилогидрическим организмам, они возобновляют фотосинтетическое окисление воды. Избыток света рассеивается в тепло по механизму, зависящему от протонирования тилакоидных белков и присутствия зеаксантина. В устойчивых к высыханию мхах и лишайниках при высыхании активируется другой механизм, который не требует ни протонирования, ни присутствия зеаксантина, хотя зеаксантин-зависимый механизм диссипации энергии остается активным, если высушивание происходит на свету. В гидратированных мхах индуцированный высыханием механизм может исчезать или ослабляться во время продолжительного выдерживания в темноте, но активироваться, когда высыхание происходит на свету. Тепловая диссипация энергии выражается в тушении максимальной или/и фоновой флуоресценции хлорофилла. В растениях, у которых тушение фоновой флуоресценции либо не наблюдается, либо слабо выражено, циклический транспорт электронов в реакционном центре фотосистемы и наносекундное разделение зарядов между окисленным P680 и восстановленным хлорофиллом, так же как донирование электронов от каротиноидов на P680+, понижает уровни сильного окислителя P680+ и таким образом вносит вклад в фотозащиту.
- Шайтан К. В. Молекулярная динамика биополимеров // Проблемы регуляции в биологических системах / Под общей ред. А. Б. Рубина. – М.-Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.
Рассматриваются основы метода молекулярной динамики. Обсуждаются силовые поля и поверхности потенциальной энергии, проблема эргодичности траекторий, проблемы, связанные с выбором термостата. Описываются методы обработки траекторий, сечения Пуанкаре, авто- и кросскорреляционные функции специального вида. С точки зрения теории Морса обсуждается проблема топологической структуры поверхностей уровня энергии молекул с конформационной подвижностью и проблема динамической симметрии в ряду природных аминокислотных остатков.
- Ю. И. Аганин Колебания в динамической модели хищник - жертва // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. тезисов 13-ой международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. 2006
- Якушевич Л. В., Краснобаева Л. А., Шаповалов А. В., Квинтеро Н. Р. Разнообразие нелинейных волновых решений в синус-Гордон модели ДНК // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XIII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. Т. 2
В данной работе представлены все виды двухсолитонных решений нелинейного уравнения синус-Гордон, имитирующего вращательные колебания оснований ДНК. Для разных видов однородных полинуклеотидных цепочек рассчитаны энергия, масса, импульс и размер конформационных возмущений, соответствующих этим решениям. Для двухсолитонного решения в виде бризера посчитаны также частоты и периоды.
- Якушевич Л. В., Краснобаева Л. А., Шаповалов А. В., Кинтеро Н. Р. Разнообразие нелинейных волновых решений // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. тезисов 13-ой международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. 2006
- Belyaeva N. E., Pashchenko V. Z., Renger G., Riznichenko G. Yu., Rubin A. B. Application of a Photosystem II Model for Analysis of Fluorescence Induction Curves in the 100 ns to 10 s. Time Domain after Excitation with a Saturating Light Pulse // Biophysics, 2006, Vol. 51, No. 6, pp. 860–872
A mathematical model of photosystem II (PSII) events was used to analyze chlorophyll fluorescence transients in the time domain from 100 ns to 10 s after excitation with a saturating 10-ns flash, applied as a part of specialized illumination protocol, using preparations of a thermophilic strain of the unicellular green alga, Chlorella pyrenoidosa Chick (using both intact and diuron-treated cells). Analysis of simulation results has proven that particular attention should be given to flash-induced recombination processes, including nonradiative recombination in PSII, while subsequent charge transfer along the electron transport chain of thylakoid membrane can be adequately described by a single reaction of quinone reoxidation. The PSII model was extended by taking inhibition by diuron of the electron transport in the acceptor side of PSII into account, which allowed simulation of fluorescence induction curves observed in the presence of this inhibitor. The model parameters were determined (stromal pH, rate constants of nonradiative recombination, and the initial reduction state of the quinone pool) which provided adequate simulation of experimentally observed ratios of the maximal and initial fluorescence levels (Fm/Fo).
- Kovalenko I. B., Abaturova A. M., Gromov P. A., Ustinin D. M., Grachev E. A., Riznichenko G. Yu., Rubin A. B. Direct simulation of plastocyanin and cytochrome f interactions in solution // Phys. Biol., 2006, vol. 3, pp. 121–129
Most biological functions, including photosynthetic activity, are mediated by protein interactions. The proteins plastocyanin and cytochrome f are reaction partners in a photosynthetic electron transport chain. We designed a 3D computer simulation model of diffusion and interaction of spinach plastocyanin and turnip cytochrome f in solution. It is the first step in simulating the electron transfer from cytochrome f to photosystem 1 in the lumen of thylakoid. The model is multiparticle and it can describe the interaction of several hundreds of proteins. In our model the interacting proteins are represented as rigid bodies with spatial fixed charges. Translational and rotational motion of proteins is the result of the effect of stochastic Brownian force and electrostatic force. The Poisson–Boltzmann formalism is used to determine the electrostatic potential field generated around the proteins. Using this model we studied the kinetic characteristics of plastocyanin–cytochrome f complex formation for plastocyanin mutants at pH 7 and a variety of ionic strength values.
- Perminova I. V., Kulikova N. A., Zhilin D. M., Grechischeva N. Yu., Kovalevskii D. V., Lebedeva G. F., Matorin D. N., Venediktov P. S., Konstantinov A. I., Kholodov V. A., Petrosyan V. S. Mediating effects of humic substances in the contaminated environments. Concepts, results, and prospects Viable Methods of Soil and Water Pollution Monitoring, Protection and Remediation. Twardowska, I., Allen, H.E., Haggblom, M.H., Stefaniak, S. (Eds.) Proceedings of the NATO Advanced Research Workshop on Viable Methods of Soil and Water Pollution Monitoring, Protection and Remediation; Serial NATO Collection, Netherlands, Springer, 2006.
- // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. тезисов 13-ой международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. 2006
- Анашкина А. А., Туманян В. Г. Построение Вороного-Делоне для моделирования белок-белковых комплексов // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Выявление аминокислот, играющих ключевую роль в образовании белок-белковых комплексов, необходимо для понимания природы этих комплексов. Мы решили задачу автоматического поиска контактирующих аминокислот в белок-белковых комплексах с помощью построения Вороного-Делоне. Был проведен расчет для 70 белок-белковых комплексов, и для оценки значимости каждого типа контакта была составлена матрица вероятности случайного его образования. Наибольшие отклонения от случайного распределения наблюдаются для контактов типа Leu-Val, Leu-Phe, Leu-Leu. Для белок-белковых комплексов одного типа (а именно антитело-антиген) наибольшие отклонения от случайного распределения наблюдаются для пар Leu-Phe, Phe-Ser.
- Безденежных В. А., Марковская Е. Ф., Сысоева М. И., Шерудило Е. Г. Формализация реакции растений на низкотемпературные воздействия // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
На основании предположения о различных механизмах влияния длительных и кратковременных (периодических) многосуточных низкотемпературных воздействий выделены две составляющие устойчивости: периодическая и апериодическая. Построены модели зависимости составляющих устойчивости от продолжительности низкотемпературного воздействия и проведена оптимизация параметров модели.
- Бобровский М. В., Ханина Л. Г., Комаров А. С., Михайлов А. В. Моделирование динамики напочвенного покрова лесных экосистем // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Предложен алгоритм моделирования динамики живого напочвенного покрова лесных экосистем на уровне лесотаксационного выдела путем использования системы моделей EFIMOD и сопряженной информации, полученной на основе данных лесной таксации и геоботанических исследований.
- Васильева Л. Ю., Романова Е. Ю. Обсуждение модели ингибирования биологически–активных нанокластеров // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Обсуждается квантовохимическая модель электронной структуры активных центров биологически — активных нанокомплексов. Такая модель позволяет выделять разрешенные или запрещенные схемы функционирования активных центров на электронном уровне по энергетическим и симметрийным соображениям и представить механизмы действия ингибиторов и активаторов на функционирование ферментативных систем. Модель позволяет также в зависимости от природы ингибитора представить то или иной электронный механизм и объяснить роль белкового матрикса. В качестве примера рассмотрена модель железосодержащего активного центра.
- Винокуров И. Ю. Влияние талой воды, вермикомпоста и антропогенных нагрузок на устойчивость агроэкологических систем // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Установлено, что талая вода по сравнению с дистиллированной увеличивает устойчивость нормальных почв, определенную отношением параметров уравнения Ферхюльста K/r эфф. Отмечено влияние талой воды и на анормальные почвы. Талая вода усиливает их иммобилизационную способность. Роль кластерных структур в биологических системах обсуждается в рамках кооперативных молекулярных механизмов. Показано, что величина триггерного перехода анормальных почв зависит от параметрического масштаба, изменяющегося во времени и масштаба антропогенной нагрузки.
- Гоник М. М., Медвинский А. Б. Сложная популяционная динамика коловраток в неоднородной среде обитания: математическое моделирование // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Методом математического моделирования исследуется эволюция динамики популяций зоопланктона (коловраток), в двух смежных биотопах с различными природными условиями. При обмене биомассой между биотопами хаотический режим может замещать регулярную динамику. При этом имеет место синхронизация хаотических осцилляций биомассы планктона.
- Дудоров В. В., Мельчакова Т. А., Мишанов А. Р. Роль представления о микроравновесном состоянии химической связи в создании новых моделей расчета констант скоростей реакций в газовой фазе // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Ранее нами была показана возможность расчета по термодинамическим данным констант скоростей реакций в газовой фазе, основывающаяся на использовании теории переходного состояния (активированного комплекса) в рамках идеи о микроравновесном механизме реакции, реализующемся при условии, когда энергия атомов (групп атомов) осуществляющих химическую связь, участвующую в реакции замещения, достигает некоторой предельной для этой связи величины. При этом переходное состояние рассматривалось как микро равновесное состояние активированного комплекса (химических связей, участвующих в реакции замещения), удовлетворяющее предельным равновесным термодинамическим характеристикам химических связей, участвующих в реакции замещения. В настоящее время аналогичный результат нами получен для наиболее сложного случая бимолекулярного взаимодействия двух валентно-насыщенных молекул на примере обратимой газофазной реакции H2+I2=2HI.
<< [441-460] [461-480] [481-500] [501-520] [521-540] [541-560] [561-580] [581-600] [601-620] [621-640] [641-660] >>
Условные обозначения:
- научный журнал
- работа опубликована в трудах научной конференции
- работа опубликована в тезисах научной конференции