Ключевым моментом при количественном анализе электрофоретических гелей высокого разрешения, содержащих большое количество полос, является учет позиционного эффекта – зависимости интенсивности полосы от её положения на геле. Оценки зависимости относительных частот разрывов межнуклеотидных связей от типа нуклеотидов, получаемые при анализе картин расщепления фрагментов молекул ДНК под влиянием ультразвука или действия химических факторов, производились при помощи двух методов: а) линейно скользящего среднего; б) описания функции позиционной зависимости как полинома третьей степени. Оценки относительных частот разрывов межнуклеотидных связей для разных нуклеотидов приводят к сходным результатам вне зависимости от выбора конкретного метода для учета позиционного эффекта
В основании явления регуляции экспрессии генов лежит связывание лигандов с ДНК. В ряде случаев между адсорбированными лигандами существуют кооперативные взаимодействия. Связывание лигандов влияет на конформацию ДНК, и это влияние распространяется на протяженные участки ДНК, превышающие размер лиганда. Такие возмущения структуры ДНК могут быть сопряжены с механическими напряжениями, которые возникают при экспрессии генов. В данной работе продемонстрирован простой подход, позволяющий моделировать конформационные возмущения в ДНК, на которой адсорбированы лиганды.