DOCKING
Метод комплементарности (докинг) заключается в подборе низкомолекулярного объекта, наилучшим образом соответствующего "посадочному месту" высокомолекулярного объекта. При этом считается, что низкомолекулярного объект конформационно подвижен, а высокомолекулярный - нет, т. к. характерные времена конформационных движений высокомолекулярного объекта много больше таковых низкомолекулярного. Малая молекула одновременно приближается к большой по вектору, соединяющему центр масс малой молекулы и "посадочное место" большой:
Метод докинга широко применяется для разработки новых лекарственных препаратов. Общеизвестно, что лечебное действие большинства медицинских препаратов основано на регуляции биохимических процессов. Поэтому, как правило, препараты (лиганды) действуют на мембранные или внутриклеточные белки-рецепторы (включающие каскады усиления), связываясь с реакционным центром белка. С помощью компьютерного моделирования с привлечением данного метода можно изучать взаимодействие лиганд-рецептор и подобрать необходимый лиганд. Таким образом, докинг позволяет значительно ускорить процесс разработки новых препаратов, т. к. в течение одного дня компьютерными методами можно перебрать несколько сот вариантов препарата на одном компьютере и подобрать наиболее удачныёй вариант, и лишь затем переходить к экспериментальной проверке отобранной серии. При этом значительно уменьшается объём экспериментальной работы, и следовательно, стоимость разработки нового препарата.