Рассматривается роль связанной воды в изменении структурной организации изолированного короткого олигонуклеотидного дуплекса d(ApA).d(TpT). На основе оптимизационных MNDO/PM3 расчетов показано уменьшение влияния концевых эффектов на упаковку пар оснований. Образование водных «сшивок» межу основаниями в стопке улучшает стэкинг пар.
С использованием MNDO-PM3 конформационных расчетов рассмотрена задача о стабильности пропеллеро-подобных форм Н-связывания уотсон-криковских пар в условиях «стэкинга» в структуре коротких двойных спиралей олигонуклеотидов.