Ограничение: только публикации, имеющие электронную версию
Найдено: 2087.
<< [461-480] [481-500] [501-520] [521-540] [541-560] [561-580] [581-600] [601-620] [621-640] [641-660] [661-680] >>
- Еремин А. Л. Ноогенез и теория интеллекта Краснодар: СовКуб, 2005. – 356 с. ISBN 5-7221-0671-2
- Карговский А. В., Митрофанов В. В. ИК-спектры водных кластеров и затухание колебаний атомных групп в водном окружении // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
В данной работе рассматривается трансформация колебательного ИК-спектра воды при образовании кластеров из небольшого числа молекул H2O. Также исследуется влияние водородных связей на вращательный спектр воды. Методами молекулярной динамики изучается вопрос о затухании колебаний атомных групп в водном окружении. Показано, что такие колебания не являются передемпфированными, как это предсказывает теория Стокса.
- Ковалева Н. А., Маневич Л. И. Локализованные нелинейные колебания молекулы ДНК // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Рассмотрена простейшая модель, описывающая раскрытие двойной спирали ДНК. Соответствующие дифференциальные уравнения решены аналитически после перехода к комплексным переменным с использованием техники многомасштабных разложений. Полученное решение соответствует локализованному нелинейному возбуждению — бризеру. Аналитические результаты сопоставлены с данными численного моделирования. Изучена устойчивость бризеров.
- Коваленко И. Б., Абатурова А. М., Громов П. А., Устинин Д. М., Грачев Е. А., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Прямое моделирование процессов взаимодействия пластоцианина с цитохромом f в растворе // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Работа посвящена разработке метода прямого компьютерного моделирования диффузии белков-подвижных переносчиков электрона и их взаимодействия с другими белками и белковыми комплексами в трехмерном пространстве. Метод является развитием метода прямого моделирования электронного транспорта в тилакоидной мембране, описанным ранее. Построена трехмерная компьютерная модель взаимодействия подвижного переносчика электрона белка пластоцианина с белком цитохромом f (одним из компонентов цитохромного комплекса) в растворе. Построенная модель позволила изучить влияние ионной силы на кинетические характеристики взаимодействия пластоцианина и цитохрома f.
- Колобов А. В., Полежаев А. А. Направленный рост и инвазия опухоли в отсутствии хемотактической подвижности ее клеток // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Хемотаксис играет важную роль в процессах морфогенеза и структурообразования в живой природе. Этим свойством обладают как одноклеточные организмы, так и отдельные клетки многоклеточных организмов. Эксперименты in vitro показывают, что многие типы опухолевых клеток, особенно метастатически активные, также обладают хемотаксисом. Существует целый ряд работ по моделированию роста и инвазии опухоли, использующих модель Келлер-Сигела для учета хемотаксиса. Однако аккуратный учет этого типа подвижности затруднен отсутствием сколько-нибудь надежных количественных оценок параметров хемотактического члена. С помощью двумерной математической модели роста и инвазии опухоли, учитывающей только случайную подвижность клеток и конвективные потоки внутри плотной ткани, мы показали, что за счет конкуренции возможен рост опухоли в направлении источников питательных веществ (сосудов) в отсутствии хемотаксиса.
- Кондратьев М. С., Самченко А. А., Комаров В. М., Кабанов А. В. Некоторые аспекты структуры и конформационной лабильности природных L-аминокислот и модельных олигопептидов // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
В работе на базе полуэмпирических квантово-химических расчетов анализируется организация формы нейтральных аминокислот и их цвиттер-ионов, а также коротких пептидов в изолированном состоянии и в водном окружении. Особое внимание уделяется рассмотрению роли структурных и термодинамических факторов в определении предпочтительных изомерных форм аминокислот, обусловливающих спиральную организацию одиночных цепочек олигопептидов.
- Королева С. В., Ашмарин И. П. Разработка экспертной компьютерной системы анализа воздействий регуляторных пептидов и других биологически активных веществ на физиологические функции организма // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Большое количество известных на настоящий момент регуляторных пептидов (РП), их выраженная полифункциональность, множество перекрестных индукционных связей и огромное число экспериментальных работ делают весьма проблематичным процесс анализа и предсказания воздействий РП на организм. Для оценки эффектов РП и других биологически активных веществ (БАВ) нами был разработан программный комплекс RegPep/BAC, состоящий из базы данных и программных модулей анализа. База данных, созданная на основе литературных источников 1960-2004 гг, включает следующие формализованные объекты: РП, БАВ, физиологические эффекты и индукционные влияния (с учетом способа введения РП и БАВ в организм), возможные внешние воздействия на организм, виды организмов, рецепторы. Для проведения оценки и сравнения воздействий РП был создан метод векторного представления эффектов пептидов, позволяющий оценить роль каждого РП в регуляторной системе организма. Данный математический аппарат был положен в основу разработки следующих программных модулей анализа: 1) функциональной классификации РП; 2) качественной и количественной оценки каскадных процессов; 3) отбора оптимальных комплексов РП с требуемым набором биологических активностей при минимальных побочных эффектах.
Разработанная экспертная система была использована в задачах анализа функционального континуума РП, контролирующих уровень тревожности, состояние депрессии, когнитивные процессы и др., а также при исследовании системы факторов внутреннего подкрепления. С ее помощью были отобраны наиболее перспективные комбинации пептидов для разработки эффективных лекарственных препаратов.
- Котов Д. А., Медведева С. Е., Родичева Э. К. База данных природных светящихся бактерий // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
База данных по люминесцентным бактериям, поддерживаемым в коллекции Института биофизики СО РАН — один из метаразделов базы данных по люминесцентным организмам BIOLUMBASE. Разработаны логическая схема метараздела «природные светящиеся микроорганизмы», классификация субъектов, способы представления атрибутов. База данных пополняется данными собственных исследований сотрудников коллекции, а также информацией из научной литературы. Информация из базы данных BIOLUMBASE может быть полезна в решении различных задач экологии, медицины и биотехнологии, где используются люминесцентные бактерии, люминесцентная система, выделенная из них, и lux-гены, клонированные в другие организмы. Через специализированный Web-портал пользователи смогут получать не только каталожную информацию о штаммах, но и информацию о свойствах, функциях, использовании, библиографии, делать поиск штаммов по любому набору интересующих свойств.
- Кубарев С. И., Шигаев А. С., Сусак И. П., Кубарева И. С., Пономарев О. А. Моделирование влияния звуковых колебаний на вероятность рекомбинации радикальной пары // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Показано, что относительно малые частоты звуковых колебаний сильно влияют на вероятность рекомбинации радикальной пары.
- Лаврова А. И., Плюснина Т. Ю., Булычев А. А., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Моделирование гистерезиса в распределении pH вблизи мембраны клетки водоросли Chara corallina // Биофизика, 2005, том 50, вып. 6, с. 1088-1094
Известно, что при освещении клетки водоросли Chara согаШnа вблизи мембраны возникают участки, неоднородные по величине рН. Экспериментально показано, что в определенном диапазоне освещенности одной и той же величине интенсивности света могут соответствовать два состояния в распределении рН: полностью гомогенное состояние и полностью сформированные структуры. Переход к состоянию с высокой амплитудой пиков рН происходит при большем значении интенсивности света, чем переход к гомогенному состоянию, т.е. в системе наблюдается гистерезис. Данное явление исследовано с помощью математической модели. Обсуждается возможный механизм возникновения гистерезиса.
- Лаврова А. И., Плюснина Т. Ю., Украинец А. B., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Колебательная и хаотическая динамика трансмембранного потенциала и pН в примембраной области клетки харовых водорослей // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
В данной работе развивается предложенная ранее модель потенциалозависимого протонного переноса через мембрану клетки водоросли Chara. В предыдущем варианте модели в качестве переменных рассматриваются концентрация протонов снаружи клетки и трансмембранный потенциал. В предлагаемом варианте модели вводится новая переменная — концентрация протонов в цитоплазме. При исследовании модели получены колебательная и хаотическая динамика трансмембранного потенциала. Обсуждается физиологическая роль наблюдаемых режимов.
- Могилевская Е. А., Лебедева Г. В., Демин О. В. Кинетическая модель функционирования цитратсинтазы E. coli // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
На основании литературных экспериментальных данных о функционировании цитратсинтазы E. coli построена кинетическая модель этого фермента. Выведено уравнение скорости реакции с учетом ингибиторов, а также влияние pH на функционирование фермента. Определены все неизвестные параметры, входящие в уравнение скорости. По специфической цитратсинтазной активности экстракта клеток E. coli определены внутриклеточные концентрации цитратсинтазы при аэробном росте бактерий на ацетате и на глюкозе.
- Пименова Т. П., Лобанов А. И. Трехмерная модель роста злокачественной опухоли головного мозга // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
В работе рассматривается трёхмерная двухкомпонентная модель роста злокачественной опухоли головного мозга. Для численного решения системы уравнений в частных производных использовалась явная разностная схема на неравномерной сетке. Для построения сетки использовался подход, основанный на 8-деревной структуре данных. Обсуждаются результаты тестовых расчетов.
- Плюснина Т. Ю., Лаврова А. И., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Моделирование неоднородного распределения и колебаний трансмембранного потенциала и pH вблизи внешней стороны мембраны клетки водоросли Chara corallina // Биофизика, 2005, том 50, вып.З, с.492-499
Предложена математическая модель потенциалозависимого протонного переноса через мембрану клетки водоросли Chara corallina. Модель представляет собой систему двух дифференциальных уравнений в частных производных, переменными которой являются концентрация протонов вблизи внешней стороны клеточной мембраны и трансмембранный потенциал. Модель описывает экспериментально наблюдаемые нееднородное распределение трансмембранного потенциала и рН вдоль мембраны и колебания потенциала и рН во времени. Предложен механизм возникновения пространственной и временной неоднородности потенциала и рН.
- Погребная А. Ф. Синтез АТФ F1-АТФазой в стохастической модели // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Данная работа является продолжением цикла работ, посвященных построению математической модели вращающегося молекулярного мотора F1-АТФазы. В данной работе, в рамках представленной ранее модели, рассматривается синтез АТФ при вращении ротора молекулярного мотора под действием внешней силы.
- Пономарев О. А., Ахметьянов Р. Ф., Ишмаев Э. Х., Шиховцева Е. С. Исследование свойств углеродных однослойных нанотрубок // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Получена точная самосогласованная система уравнений для описания нанотрубок, в коллективных переменных.
- Сабурова Е. А., Дыбовская Ю. Н., Авсеенко Н. В., Сивожелезов В. С. Применение расчетов электростатического поля белков при выборе ферментов для микрокапсулирования // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Создание ферментативных полиэлектролитных микрореакторов выдвигает определенные требования к свойствам ферментов — изоэлектрической точке белка — рI, величине его полного заряда Q, но особенно важно точное знание распределения электростатического потенциала (РЭП) на поверхности белка. Настоящая работа посвящена расчету РЭП ряда белков с учетом различного локального окружения для каждого заряженного аминокислотного остатка и соответственно смещения величины рКа. Было рассчитано РЭП рибонуклеазы А и лизоцима при разных значениях рН 4, 5, 6, 7, 8, применяя как обычно используемые стандартные значения величин рКа, так и с учетом локального окружения для каждого титруемого аминокислотного остатка белка. В результате сравнения таких расчетов показано, что учет окружения аминокислотного остатка изменяет РЭП ферментов, но в ограниченной области рН (3–5). Произведена оценка площадей с соответствующим РЭП на поверхности белка, потенциально способных связывать полиэлектролиты, составляющие оболочку фермент-полиэлектролитного комплекса. В интервале рН (5–8) расчет РЭП этих белков показал, что поправка на смещение величин рКа не вызывает заметных изменений РЭП и при построении надмолекулярных комплексов ее можно не учитывать.
- Сухов В. С., Воденеев В. А. Математическая модель потенциала действия у высших растений // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Разработана математическая модель потенциала действия у высших растений, учитывающая роль систем активного и пассивного транспорта ионов в генерации импульса. При подготовке модели были учтены изменения концентраций ионов внутри и снаружи клетки и буферные свойства цитоплазмы и апопласта. Численное решение модели показало хорошее соответствие экспериментальным данным.
- Фурсова П. В., Милько Е. С., Ильиных И. А., Левич А. П. Системный анализ, математическое моделирование, информационные системы // Биотехнология, 2005, №1, 73-82
- Цыганов М. А., Бикташев В. Н. Солитонное и полусолитонное взаимодействия популяционных таксисных волн // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
Исследованы свойства нелинейных волн в математической модели “хищник-жертва” с таксисом. Нами показано, что для таких систем с положительным и отрицательным таксисом существует большая параметрическая область, для которой характерно квазисолитонное взаимодействие волн: сталкивающиеся волны проходят/отражаются друг сквозь друга, а также отражаются от непроницаемых границ. В численных экспериментах мы также демонстрируем новое волновое явление — полусолитонное вазимодействие: при столкновении двух волн одна аннигилирует, а другая продолжает распространение. Мы показали, что этот эффект зависит от “возраста” или, эквивалентно, ”ширине” сталкивающихся волн.
<< [461-480] [481-500] [501-520] [521-540] [541-560] [561-580] [581-600] [601-620] [621-640] [641-660] [661-680] >>
Условные обозначения:
- работа представлена в открытый доступ через Internet
- научный журнал
- работа опубликована в трудах научной конференции