Справочник "Биофизики России"

Найдено: 105.

[1-20] [21-40] [41-60] [61-80] [81-100] [101-105]

• Маторин Д. Н., Погосян С. И., Осипов В. А., Хаптер Р., Рубин А. Б. Исследование состояния фотосинтетического аппарата фитопланктона Балтийского моря флуоресцентными методами Вестник МГУ, сер. Биология. № 1, 2006. 61-66
• Красильников П. М., Нокс П. П., Хейнникел М., Рубин А. Б. Кинетика индуцируемого постоянным светом пигмент-акцепторного взаимодействия в препаратах фотосистемы I Synetchocystis sphaeroides, охлажденных до 160 К в темноте и на свету Биофизика, 2006. т. 51, вып. 1, с. 65-72.
• Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Модели регуляции фотосинтетического электронного транспорта // Проблемы регуляции в биологических системах / Под общей ред. А. Б. Рубина. – М.-Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.
  Рассмотрены современные методы математического и компьютерного моделирования процессов в фотосинтетической мембране. Обобщенная кинетическая модель представляет собой систему дифференциальных уравнений и включает описание процессов в мультиферментных комплексах фотосистемы 1, фотосистемы 2, цитохромном комплексе, процессы сопряженного трансмембранного переноса протонов и других ионов, генерацию электрического и электрохимического потенциала, работу АТФ-синтазы. Модель позволяет одновременно следить за кинетикой разнородных переменных модели (концентрациями переносчиков, вероятностями состояний комплексов, величинами электрического и химического потенциалов). Модель адекватно описывает результаты экспериментов, в том числе кинетические особенности индукционной кривой флуоресценции при различных интенсивностях света, индукцию электрического потенциала в присутствии различных агентов и др. Прямая многочастичная компьютерная модель фотосинетической мембраны описывает процессы, происходящие на «сцене», включающей компартменты стромы, люмена и внутримембранного пространства. Движение подвижных переносчиков в компартментах описывается с помощью броуновской динамики. Модель позволяет наряду с кинетическими и статистическими характеристиками системы получить визуальное представление о движении отдельных переносчиков, перемещении электрона в системе, наглядно выявляет роль гетерогенного распределения комплексов фотореакционных центров и другие особенности пространственной организации фотосинтетической мембраны.
• Коваленко И. Б., Абатурова А. М., Громов П. А., Грачев Е. А., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Моделирование взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f в растворе в зависимости от ионной силы и pH среды // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XIII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. Т. 2
  Работа посвящена компьютерной имитационной модели диффузии и взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома f в растворе. Модель является многочастичной и позволяет моделировать несколько сотен белков в растворе. С помощью данной модели мы изучали кинетические характеристики образования комплекса пластоцианин-цитохром f для мутантов пластоцианина для различных значений pH и ионной силы раствора.
• Беляева Н. Е., Пащенко В. З., Ренгер Г., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Применение модели ФС2 для анализа выхода флуоресценции, регистрируемой после насыщающего светового импульса // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XIII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. Т. 2
  Сигнал флуоресценции, возбуждаемой насыщающим импульсом длительностью 10 нс, измерен на препаратах термофильного штамма водоросли Chlorella pyrenoidosa Chick (нативных и с диуроном) в диапазоне от 100 нс до 10 с и проанализирован в математической модели процессов ФС2. При имитации короткого светового воздействия важен детальный учет процессов рекомбинации, в том числе безызлучательной, в ФС2, дальнейшие процессы в электронно-транспортной цепи тилакоидной мембраны описываются одной реакцией повторного окисления хинолов. Включение в модель реакций блокирования ингибитором акцепторной части ФС2 позволило описать кривые ИФ, регистрируемые в присутствии диурона.
• Лаврова А. И., Плюснина Т. Ю., Украинец А. B., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Колебательная и хаотическая динамика трансмембранного потенциала и pН в примембраной области клетки харовых водорослей // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  В данной работе развивается предложенная ранее модель потенциалозависимого протонного переноса через мембрану клетки водоросли Chara. В предыдущем варианте модели в качестве переменных рассматриваются концентрация протонов снаружи клетки и трансмембранный потенциал. В предлагаемом варианте модели вводится новая переменная — концентрация протонов в цитоплазме. При исследовании модели получены колебательная и хаотическая динамика трансмембранного потенциала. Обсуждается физиологическая роль наблюдаемых режимов.
• Лаврова А. И., Плюснина Т. Ю., Булычев А. А., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Моделирование гистерезиса в распределении pH вблизи мембраны клетки водоросли Chara corallina // Биофизика, 2005, том 50, вып. 6, с. 1088-1094
  Известно, что при освещении клетки водоросли Chara согаШnа вблизи мембраны возникают участки, неоднородные по величине рН. Экспериментально показано, что в определенном диапазоне освещенности одной и той же величине интенсивности света могут соответствовать два состояния в распределении рН: полностью гомогенное состояние и полностью сформированные структуры. Переход к состоянию с высокой амплитудой пиков рН происходит при большем значении интенсивности света, чем переход к гомогенному состоянию, т.е. в системе наблюдается гистерезис. Данное явление исследовано с помощью математической модели. Обсуждается возможный механизм возникновения гистерезиса.
• Плюснина Т. Ю., Лаврова А. И., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Моделирование неоднородного распределения и колебаний трансмембранного потенциала и pH вблизи внешней стороны мембраны клетки водоросли Chara corallina // Биофизика, 2005, том 50, вып.З, с.492-499
  Предложена математическая модель потенциалозависимого протонного переноса через мембрану клетки водоросли Chara corallina. Модель представляет собой систему двух дифференциальных уравнений в частных производных, переменными которой являются концентрация протонов вблизи внешней стороны клеточной мембраны и трансмембранный потенциал. Модель описывает экспериментально наблюдаемые нееднородное распределение трансмембранного потенциала и рН вдоль мембраны и колебания потенциала и рН во времени. Предложен механизм возникновения пространственной и временной неоднородности потенциала и рН.
• Пархоменко И. М., Зарубина А. П., Лукашев Е. П., Странадко Е. Ф., Тимофеев К. Н., Рубин А. Б. О механизмах фотодинамического действия сенсибилизаторов и усовершенствовании методов их первичного отбора для фотодинамической антимикробной терапии // Доклады РАН, 2005, т. 404, №6, с. 821‑825.
• Коваленко И. Б., Абатурова А. М., Громов П. А., Устинин Д. М., Грачев Е. А., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Прямое моделирование процессов взаимодействия пластоцианина с цитохромом f в растворе // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  Работа посвящена разработке метода прямого компьютерного моделирования диффузии белков-подвижных переносчиков электрона и их взаимодействия с другими белками и белковыми комплексами в трехмерном пространстве. Метод является развитием метода прямого моделирования электронного транспорта в тилакоидной мембране, описанным ранее. Построена трехмерная компьютерная модель взаимодействия подвижного переносчика электрона белка пластоцианина с белком цитохромом f (одним из компонентов цитохромного комплекса) в растворе. Построенная модель позволила изучить влияние ионной силы на кинетические характеристики взаимодействия пластоцианина и цитохрома f.
• Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Биофизическая динамика продукционных процессов Москва-Ижевск, Изд. ИКИ, 2004, 464 с.
  Учебное пособие написано по материалам лекций, читаемых в последние годы на биологическом факультете Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова. В книге обсуждаются основные биофизические закономерности и математические модели биологических продукционных процессов. Модели представляют собой системы обыкновенных дифференциальных уравнений, уравнения с запаздыванием, уравнения в частных производных, а также матричные и стохастические модели. Рассмотрены продукционные процессы в одно-, двух- и многовидовых биологических сообществах, процессы роста и развития микробных популяций, факторы, определяющие продуктивность водных экосистем. Особое внимание уделено изучению закономерностей пространственно-временной самоорганизации продукционных систем. Для студентов и аспирантов биологических специальностей, а также для специалистов, использующих кинетические модели продукционного процесса в научной и практической работе.
• Лаврова А. И., Плюснина Т. Ю., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Гистерезис в изменении pH в зависимости от интенсивности света в примембранной области водоросли Chara Corallina. Математическая модель // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XI международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2004. Т. 2
  Предложена математическая модель ионных потоков через клеточную мембрану водоросли Chara corallina. Модель основана на кинетических свойствах протонной АТФ-азы и учитывает динамику трансмембранного потенциала. Модель описывает экспериментально обнаруженный гистерезис рН в примембранной области при изменении интенсивности света. Обсуждается механизм возникновения бистабильных состояний.
• Антал Т. К., Граевская Е. Э., Маторин Д. Н., Воронова Е. Н., Погосян С. И., Кренделева Т. Е., Рубин А. Б. Изучение токсического действия хлорида ртути и метилртути на фотосинтетическую активность диатомовой водоросли Thalassiosira weissflogii флуоресцентными методоми Биофизика, 2004, Т.49, №1, с. 72-78
• Беляева Н. Е., Лебедева Г. В., Демин О. В., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Кинетическая модель первичных процессов фотосинтеза в хлоропластах. Быстрая фаза индукции флуоресценции при различной интенсивности света и воздействии ингибиторов // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XI международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2004. Т. 2
  Разработанная модель изолированной фотосистемы 2 (ФС2) способна адекватно описать быструю фазу индукции флуоресценции, наблюдаемую in vivo в фотосинтезирующих образцах при включении света высокой интенсивности. Особенности индукционной кривой определяются динамикой накопления флуоресцирующих состояний ФС2. Модификация значений параметров, входящих в модель ФС2, позволяет на качественном и количественном уровне объяснить эффекты, наблюдаемые при регистрации быстрой фазы индукции флуоресценции в различных условиях эксперимента (ингибиторы, рН, другие воздействия).
• Джалал Камали М., Лебедева Г. В., Демин О. В., Беляева Н. Е., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Кинетическая модель цитохромного bf-комплекса. Оценка кинетических параметров // Биофизика, 2004, том 49, вып. 6, с.1061-1068
  Разработана кинетическая модель цитохромного bf-комплекса в предположении функционирования Q-цикла Митчелла. bf-комплекс рассматривался как мембранный фермент, катализирующий перенос электронов от пластохинола на пластоцианин, сопряженный с переносом протонов из стромы хлоропласта в люмен тилакоида, В модели учтена зависимость скоростей реакций электронного переноса от величины трансмембранного электрического потенциала. Модель применена к описанию экспериментальных данных по регистрации кинетики окислительно-восстановительных превращений цитохрома b, пластоцианина, а также процесса закачки протонов в люмен тилакоида после насыщающей вспышки света. Произведена идентификация параметров модели.
• Коваленко И. Б., Абатурова А. М., Камали Джалал М., Устинин Д. М., Ризниченко Г. Ю., Грачев Е. А., Рубин А. Б. Прямое моделирование процессов взаимодействия пластоцианина с фотосистемой 1 в фотосинтетической мембране // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XI международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2004. Т. 2
  В работе рассмотрены процессы взаимодействия подвижного переносчика пластоцианина с комплексом фотосистемы 1 и цитохромным комплексом. Построены прямая и кинетическая модели взаимодействия пластоцианина с ФС1 и cyt, оценены параметры прямой модели по экспериментальным данным. На кинетической модели исследовано влияние обратных реакций на характер кинетических кривых.
• Антал Т. К., Кренделева Т. Е., Рубин А. Б. Фотохимическая активность фотосистемы II при переходе голодающих по сере клеток Chlamydomonas reinhardtii в анаэробные условия зависит от редокс-состояния пула хинонов // Биофизика, 2004, 49(3), стр. 499-505
• Коваленко И. Б., Устинин Д. М., Грачев Н. Е., Кренделева Т. Е., Кукарских Г. П., Тимофеев К. Н., Ризниченко Г. Ю., Грачев Е. А., Рубин А. Б. Экспериментальное и теоретическое исследование процессов циклического электронного транспорта вокруг фотосистемы I // Биофизика, 2003, том 48, вып.4, с. 656-665
• Красильников П. М., Нокс П. П., Пащенко В. З., Ренгер Г., Рубин А. Б. Влияние релаксационных процессов на температурную зависимость скорости восстановления фотоокисленного бактериохлорофилла от первичного хинона в ракционных центрах Rb. sphaeroides // Биофизика, 2002, т. 47, вып. 3, с. 474-481.
• Плюснина Т. Ю., Лобанов А. И., Лаврова А. И., Старожилова Т. К., Ризниченко Г. Ю., Рубин А. Б. Влияние электрического поля на динамику ионов вблизи клеточной мембраны Математика. Компьютер. Образование, 2002, вып.9
  В работе рассматривается система «реакция-электродиффузия» применительно к растворам с низкой ионной силой, где традиционные представления о локальной электронейтральности среды не работают. Для одномерного случая исследованы возможности появления пространственно-временных неоднородностей. Показано, что учет самосогласованного поля в системе с диффузией и нелинейными химическими взаимодействиями меняет области значений параметров, при которых образуются структуры. В системе возможно появление бистабильности, возникновение солитоноподобных структур и апериодические по времени и по пространству режимы.

[1-20] [21-40] [41-60] [61-80] [81-100] [101-105]

Условные обозначения:


• работа представлена в открытый доступ через Internet
• научный журнал
• работа опубликована в трудах научной конференции