Справочник "Биофизики России"

Найдено: 264.

[1-20] [21-40] [41-60] [61-80] [81-100] [101-120] [121-140] [141-160] [161-180] >>

• Колобов А. В., Полежаев А. А. Направленный рост и инвазия опухоли в отсутствии хемотактической подвижности ее клеток // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  Хемотаксис играет важную роль в процессах морфогенеза и структурообразования в живой природе. Этим свойством обладают как одноклеточные организмы, так и отдельные клетки многоклеточных организмов. Эксперименты in vitro показывают, что многие типы опухолевых клеток, особенно метастатически активные, также обладают хемотаксисом. Существует целый ряд работ по моделированию роста и инвазии опухоли, использующих модель Келлер-Сигела для учета хемотаксиса. Однако аккуратный учет этого типа подвижности затруднен отсутствием сколько-нибудь надежных количественных оценок параметров хемотактического члена. С помощью двумерной математической модели роста и инвазии опухоли, учитывающей только случайную подвижность клеток и конвективные потоки внутри плотной ткани, мы показали, что за счет конкуренции возможен рост опухоли в направлении источников питательных веществ (сосудов) в отсутствии хемотаксиса.
• Кондратьев М. С., Самченко А. А., Комаров В. М., Кабанов А. В. Некоторые аспекты структуры и конформационной лабильности природных L-аминокислот и модельных олигопептидов // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  В работе на базе полуэмпирических квантово-химических расчетов анализируется организация формы нейтральных аминокислот и их цвиттер-ионов, а также коротких пептидов в изолированном состоянии и в водном окружении. Особое внимание уделяется рассмотрению роли структурных и термодинамических факторов в определении предпочтительных изомерных форм аминокислот, обусловливающих спиральную организацию одиночных цепочек олигопептидов.
• Шульга Д. А., Олиференко А. А., Писарев С. А., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Исследование параметризации топологических методов расчета частичных атомных зарядов для воспроизведения ab initio молекулярного электростатического потенциала // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  Исследована возможность описания молекулярного электростатического потенциала (МЭП) при помощи кулоновского потенциала с атомными зарядами, рассчитанными топологическими методами, разработанными ранее. Для этого проведена оптимизация параметров для минимизации невязки рассчитываемых зарядов и RESP-зарядов, полученных из МЭП в приближении Хартри-Фока (6–31G*), которые хорошо воспроизводят МЭП на выборке из 46 разнообразных органических структур. Полученная параметризация подтверждается на контрольной выборке из 9 структур, не вошедших в обучающую выборку. Полученные заряды могут использоваться для расчета электростатического компонента для многих силовых полей, применяемых в биомолекулярном моделировании.
• Пименова Т. П., Лобанов А. И. Трехмерная модель роста злокачественной опухоли головного мозга // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  В работе рассматривается трёхмерная двухкомпонентная модель роста злокачественной опухоли головного мозга. Для численного решения системы уравнений в частных производных использовалась явная разностная схема на неравномерной сетке. Для построения сетки использовался подход, основанный на 8-деревной структуре данных. Обсуждаются результаты тестовых расчетов.
• Цыганов М. А., Бикташев В. Н. Солитонное и полусолитонное взаимодействия популяционных таксисных волн // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2005. Т. 3
  Исследованы свойства нелинейных волн в математической модели “хищник-жертва” с таксисом. Нами показано, что для таких систем с положительным и отрицательным таксисом существует большая параметрическая область, для которой характерно квазисолитонное взаимодействие волн: сталкивающиеся волны проходят/отражаются друг сквозь друга, а также отражаются от непроницаемых границ. В численных экспериментах мы также демонстрируем новое волновое явление — полусолитонное вазимодействие: при столкновении двух волн одна аннигилирует, а другая продолжает распространение. Мы показали, что этот эффект зависит от “возраста” или, эквивалентно, ”ширине” сталкивающихся волн.
• Николаев А. В., Рожило Я. А., Старожилова Т. К., Сарнацкая В. В., Юшко Л. А., Михайловский С. В., Холодов А. С., Лобанов А. И. Математическая модель связывания альбумин–билирубинового комплекса на поверхности угольного пирополимера // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XI международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2004. Т. 2
  Рассматривается математическая модель адсорбции альбумин-билирубинового комплекса на поверхности угольного пирополимера. На основе экспериментальных данных проводится оценка параметров математической модели. Результаты расчетов показывают хорошее соответствие с экспериментальными результатами. Показано, что при моделировании данного процесса необходимо учитывать фрактальные свойства поверхности угольного пирополимера.
• Смирнова Ю. Г., Ерухимович И. Я. Анализ микрофазного расслоения с двумя пространственными масштабами в смесях симметричных блок-сополимеров // "Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XI международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко. Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика". 2004. Т. 2
  Проведен глобальный анализ термодинамической устойчивости однородных смесей, состоящих из двух типов макромолекул диблок-сополимеров различающихся полной степенью полимеризации, в рамках приближения случайных фаз. Показана возможность микрофазного расслоения с образованием структур с двумя различными пространственными масштабами. Определены области параметров системы где возможно образование структур с одним или двумя разными масштабами.
• Кабанов А. В., Комаров В. М., Якушевич Л. В., Канапин А. А., Теплухин А. В. Влияние связанной воды на стуктурообразование коротких двойных спиралей олигонуклеотидов. MNDO/PM3 расчеты Математика. Компьютер. Образование, 2002, вып.9
  Рассматривается роль связанной воды в изменении структурной организации изолированного короткого олиго­нуклеотидного дуплекса d(ApA).d(TpT). На основе оптими­зационных MNDO/PM3 расчетов показано уменьшение влияния концевых эффектов на упаковку пар оснований. Образование водных «сшивок» межу основаниями в стопке улучшает стэкинг пар.
• Ковалева Т. А., Кожокина О. М., Битюцкая Л. А., Дронов Р. В., Мельников Л. Ю. Компьютерное моделирование структуры амилолитических ферментов Математика. Компьютер. Образование, 2002, вып.9
  Используя данные рентгеноструктурного анализа и программу MolScript, методом компьютерного моделирования построена трехмерная модель макромолекулы глюкоамилазы из Aspergillus awamori, что позволило по-новому оценить мно­го­численные экспериментальные данные, полученные клас­си­ческими методами (электронная спектроскопия, ЯМР, ИК спектроскопия и т.д.). Показаны особенности строения актив­ного центра данного фермента, обозначены функционально важ­ные группы. Внесены дополнения в представления о механизме катализа амилолитическими ферментами.
• Красильников П. М., Нокс П. П., Чаморовский С. К. Влияние изотопного замещения и контролируемой дегидратации на фотоиндуцированные реакции хинонных акцепторов и мультигемового цитохрома С в бактериальном фотосинтетическом реакционном центре // Биохимия, 2002, т. 67, вып. 11, с. 1572-1581.
• Беспалова С. В., Мищенко А. М., Шаталов В. М. Модель сопряжения процесса гидролиза АТФ с возбуждением водородных связей в биосистемах Математика. Компьютер. Образование, 2001, вып.8
  В работах К.Б. Толпыго с соавторами по моделированию мышечного сокращения показана ключевая роль водородных связей в биосистемах, поскольку кванты колебательной энергии водородного атома сравнимы с энергией распада АТФ. Развивается модель сопряжения процесса гидролиза АТФ с возбуждением водородной связи А–Н…В. В данной работе проведены оценки кулоновского взаимодействия протона водородной связи с электрическим полем ковалентной связи АДФ–Ф, рассчитаны адиабатические потенциалы системы АДФ–Ф–Н-связь. Электрическое поле разрываемой ковалентной связи АДФ–Ф возбуждает колебания протона приближающегося комплекса с водородной связью А–Н...В и смещает его из положения равновесия в сторону указанной ковалентной связи, что приводит к понижению барьера и к разрыву связи АДФ–Ф с выделением энергии в виде кинетической энергии отделившейся фосфатной группы. Эта энергия затем переходит в тепло, обуславливающее сближение рассматриваемых молекулярных комплексов АТФ и А–Н...В.
• Буляница А. Л., Панина Л. К., Курочкин В. Е. Влияние выработки продуктов метаболизма на процесс формирования колонии несовершенных мицелиальных грибов Математика. Компьютер. Образование, 2001, вып.8
  В работе проанализированы две модели выработки жидких продуктов метаболизма растущим мицелием, допускающие простую интерпретацию. Этот аспект важен для понимания механизма развития колонии мицелиальных грибов, поскольку именно способность к выработке метаболитов как ингибиторов роста позволяет формировать различные кольцевые структуры колонии с пограничными состояниями – однородный сплошной газон, с одной стороны, либо сосредоточение мицелия вблизи области начального посева, так называемое, «умирание» колонии, с другой стороны.
• Камзолова С. Г., Сорокин А. А., Джелядин Т. Р., Иванова Н. Н., Полозов Р. В. Доменная организация субъединиц РНК-полимеразы E.coli (Es70) и регуляция активности промоторов ранних генов ДНК фагов T4 и T7 Математика. Компьютер. Образование, 2001, вып.8
  Показано дифференцированное действие rpoB403 и rpoB409 мутаций на промоторную специфичность РНК-полимеразы. Константа связывания (Кв) А3 промотора с rpoB403 РНК-полимеразой вдвое больше, чем с ферментом дикого типа. В отличие от этого, rpoB409 мутация влияет на кинетические параметры комплексообразования РНК-полимеразы с D промотором, но не с А3 промотором. Проведен анализ распределения электростатического потенциала вокруг фрагментов ДНК, содержащих промоторы ДНК фагов Т4 и Т7. Полученные результаты свидетельствуют о наличии характеристических элементов в профилях электростатического потенциала промоторной ДНК, специфических для групп промоторов, отличающихся по их ответу на rpoB403- и rpoB409-мутационные изменения ?-субъединицы РНК-полимеразы.
• Тарасевич Ю. Ю., Константинов В. О., Аюпова А. К. Моделирование дендритного роста кристаллов соли в биологических жидкостях // Известия вузов. Северо-Кавказский регион. Естественные науки. 2001. Спецвыпуск. 147-149
• Эдельштейн К. К., Иваненко С. А., Патрик П. А. Пространственная структура ветровых течений в долинном водохранилище // Метеор. и гидрол., 2001, (7, с. 89 - 100.
• Алехина Н. Д., Харитонашвили Е. В., Ризниченко Г. Ю., Плюснина Т. Ю., Сидоров С. В., Рубин А. Б. Регуляция метаболизма нитрата с участием системы поликомпартментациианиона в корнях растений // Биофизика, 2000, том 45, вып.З, стр. 532-541
  Предложена новая концепция регуляции обмена нитрата посредством поликомпартментации аниона в корне. На проростках пшеницы, выращенных при 25 и 12°С в зоне корней, исследованы поглощение нитрата, компартментация и восстановление в корнях и транслокация в побеги. Показано, что нитрат корня компартментирован в нескольких функциональных пулах: запасном, метаболическом и подвижном, предназначенном для персмещения в надземные органы. Нетто-поступление, отношение вход/выход (в/из корней), размер подвижного пула и транслокация изменяются в зввисимости от температуры выращивания. Выявлены колебания скорости нетто-потлощения и концентрации нитрата в тканях, а также изменения этих колебаний под действием температуры. Эмпирическая модель регуляции базируется на том, что нетто-поступление посредством изменения соотношения вход/выход контролируется нитратом подвижного пула, размер которого зависит от оттока аниона в побеги. Математическая модель представляет собой систему линейных дифференциальных уравнений и после упрощения в соответствии с иерархией констант скоростей отдельных процессов сводится к системе двух дифференциальных уравнений, которая имеет на фазовой плоскости предельный цикл в определенной области значений параметров. Модель обосновывает регуляцию по принципу положительной обратной связи процесса транспорта нитрата из вновь поглощенного пула в транслокационный пул и его формирования в клетках коры корня. Модель воспроизводит явления, наблюдаемые экспериментально.
• Аульченко С. М., Латыпов А. Ф., Никуличев Ю. В. Построение поверхностей с помощью параметрических полиномов // Журн. вычисл. матем. и матем. физ., 2000, т. 40, (3, с. 356 - 364.
• Николаев П. П., Николаев Д. П. Концепция систолической модели феноменов зрительной репрезентации и пространственной константности Математика. Компьютер. Образование, 2000, вып.7, с.675-684
• Адамович В. В., Рогозин Д. Ю., Дегерменджи А. Г. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ АПРОБАЦИЯ МЕТОДА ПОИСКА ПЛОТНОСТНЫХ КОНТРОЛИРУЮЩИХ РОСТ ФАКТОРОВ В МИКРОБНЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ // II съезд биофизиков России. Тезисы. М., 1999. (раздел 8: Новые методы в биофизике)
• Адина-Зада А., Карнаухова С. Л., Коваль В. В., Локтева Н. А., Фёдорова О. С. КООПЕРАТИВНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ И ИХ ПРОИЗВОДНЫХ НА КОМПЛЕМЕНТАРНЫХ МАТРИЦАХ // II съезд биофизиков России. Тезисы. М., 1999. (раздел 2: Структура и динамика нуклеиновых кислот и их комплексов)

[1-20] [21-40] [41-60] [61-80] [81-100] [101-120] [121-140] [141-160] [161-180] >>

Условные обозначения:


• научный журнал
• работа опубликована в трудах научной конференции
• работа опубликована в тезисах научной конференции